清明節了,放假期間好好放松一下自己,但是我仍然記得大學老師說過的一句話,放假休息的同時,總結過去,展望以后,所以說假期是一個承前啟后的時間段,今天我們不講新的東西,而是回顧一下單細胞軌跡分析的一些內容。
第一部分,降維,
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第一頁其實在說明為什么我們數據分析的時候為什么先要用PCA降維,PCA降維到50-100維
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這一頁講了tSNE降維的原理和PCA的連用。那么第一個問題就來了,為什么我們要先PCA降維后再使用tSNE降維呢?看了PPT相信大家都有答案了吧
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第三頁關于UMAP降維,現在明白為什么UMAP降維后的結果cluster之間的距離為什么變得遠了吧。
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第四頁,PHATE降維,優劣勢一目了然。
第二部分,軌跡分析
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我們常見的軌跡類型。
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分析的一般過程
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發育基因的選擇及優缺點
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可視化的方法,知道都是什么軟件做出來的么???
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分化推斷知多少
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推斷軟件哪家強???
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強強聯手結果優
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空間軌跡如何斷???
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方法總比困難多
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總結也是一種進步
生活很好,有你更好