###序列操作
$ seqkit seq *.fa -r > out #取反向序列
$ seqkit seq *.fa -p > out #取互補序列
$ seqkit seq *.fa -r -p > out #取反向互補序列
$ seqkit seq *.fa --nda2rna > out #DNA序列轉換為RNA序列
$ seqkit seq *.fa rna2dna  > out #RNA序列轉換為DNA序列
$ seqkit seq *.fa -l > out #將序列以小寫字母的形式輸出
$ seqkit seq *.fa -u > out #將序列以大寫字母的形式輸出
$ seqkit seq *.fa -w 10 > out #(指定序列的長度為10)指定每行序列的輸出長度(為0的話，代表為一整行，默認的輸出 長度是60個堿基)
$ seqkit seq *.fa -w 0 > out #將多行序列轉換為一行序列
$ seqkit seq *.fa -s -w 0 > out #只輸出序列
$ seqkit seq *.fa -s -w 40 > out #將只輸出的序列的，指定每行輸出的堿基數
$ seqkit seq *.fa -s -w 20 -o *.fa
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###Fasta/q之間以及與tab格式互換
$ seqkit fq2fa test.fq -o test.fa #將fataq文件轉化為fasta格式.
$ seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa #(沒有seq參數)將fasta格式轉化為tab格式
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###序列信息統計
$ seqkit fx2tab -l -g -n -i -H *fa #序列堿基含量
$ seqkit stat *.fa #序列長度的整體分布統計
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###根據ID或特定的motif篩選提取序列
$ seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa＃選取有起始密碼子的序列
$ seqkit grep -f list test.fa > new.fa＃根據ID提取序列
$ seqkit grep -s -d -i -p TTSAA＃簡并堿基使用。S 代表C or G.
$ seqkit grep -s -R 1:30 -i -r -p GCTGG＃＃匹配限定到某區域
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###多個序列文件比較尋找相同的序列或者ID相同的序列
$ seqkit common test1.fa test2.fa -o common.fasta #By ID (default,>后面，空格之前的名字)輸出ID名字相同的。
$ seqkit common test1.fa test2.fa -n -o common.fasta #By full name（整個序列的名字，包含description部分）。輸出序列名字相同的。
$ seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta #輸出要比較的文件中序列相同的序列
$ seqkit common test1.fa test2.fa -s -i -o common.fasta --md5 #輸出要比較的文件中序列相同的序列 (for large sequences)
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###提取部分序列，如隨機抽取10000條FASTQ序列做NT污染評估。同時他也可以對FASTA序列提取
#隨機抽取序列
seqkit sample -n 10000  -s 11  test1_1.fq -o sample.fq
seqkit sample -p 0.1 -s 11  test1_1.fq -o sample.fq
###排序輸出命令
seqkit sort -l test.fa
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###文件切割
seqkit split hairpin.fa.gz -p 4