docker安裝成功

image.png

安裝DROMPAplus

image.png

上面這步沒必要 是從源碼構建才需要的

先安裝 拉下來鏡像 每步都需要sudo

image.png

bam？

image.png

先不管原因，這是sudo才能用，普通用戶不能用，因此要將普通用戶加入sudo組

加入后， 直接將sam作為輸入即可

docker run -it --rm -v $(pwd):/mnt rnakato/ssp_drompa parse2wig+    -i /mnt/IPC1_clean.sam -o IPC1 --odir /mnt/parse2wigdir+ --gt /home/DROMPAplus/data/genometable/genometable.hg38.txt

image.png

輸出的結果過于簡單

image.png

畫圖

image.png

refflat應該在這

image.png

不對 再次進去找
docker run -it --rm rnakato/ssp_drompa /bin/bash

image.png

發現是-gt的問題 雖然-g我也改了 不改-g也會報錯

image.png

image.png

docker內找不見文件
果然在外面
mnt指的就是給的入口地址

image.png

拿到第一張圖

image.png

-g文件沒問題

docker run -it --rm rnakato/ssp_drompa /bin/bash
less /home/DROMPAplus/data/geneannotation/Mus_musculus.GRCm38.97.chr.gene.name.refFlat

image.png

但是callpeak文件里沒有基因名的注釋