#從ncbi下載數(shù)據(jù)，GEO-GEO號/SRA-SRA號/SRA-SRP號，找到最終的SRP號，

#在搜索界面send to file:Runinfo,內(nèi)含https下載鏈接

#或send to file:accession list,記下每一行值，補全鏈接為：

#ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR(前三位)/SRR(全名)/SRR(全名).sra

#下載目前使用idm和迅雷下載，prefetch下載太慢，ascp又不能用，后拷貝至分析端

0.環(huán)境準備（針對win10 ubuntu子系統(tǒng)）

#linux清密碼

#apt換源（清華源）

#sudo apt-get update

#sudo apt-get upgrade

#安裝圖形界面（不裝fastqc老是報錯）

#安裝中文語言包（隨意）

#安裝miniconda3，手動激活環(huán)境變量，更換源，更換python版本為3.6（3.7版有個東西用不了，啥東西暫時忘了）

#apt裝fastqc，bwa，samtools，bamtools，trimmomatic，tree，pandoc，unzip，axel，aria2（zsh，oh-my-zsh）

#conda裝sra-tools，multiqc，bowtie2

#手動安裝aspera

1. sra轉(zhuǎn)為fastq

fasterq-dump -3 -e 8 -p -o 輸出路徑 sra文件

#(-e 指定線程數(shù)，-3<=>--split-3，-p 嘮叨模式)

rename 's/.sra//' 輸入文件(去除文件名中的.sra)

2.質(zhì)檢

#將所有的數(shù)據(jù)進行質(zhì)控，得到zip的壓縮文件和html文件

fastqc -o 輸出路徑 -t 8 fastq文件1 fastq文件2 ... fastq文件n(-t 指定線程數(shù))

multiqc -t default -o 輸出路徑 -f 輸入路徑(-t 輸出格式為默認)

3.比對

bowtie2 --local?-3 整型-5 整型 -p 6 -x index位置 -U fastq文件 | samtools sort -o 輸出的排過序的bam文件路徑及名稱

# --local表示使用local模式，在這種模式下，Bowtie2不要求整個讀取從一端到另一端對齊。相反，為了達到最大可能的對齊分數(shù)，可以從末端省略一些字符（“軟裁剪”）

#（-p 指定線程數(shù)， -U 表示單端測序，-3或-5 表示從3‘端或5端’某個堿基位置開始修剪)?

4.peak calling

macs callpeak -c 對照的bam文件 -t 實驗的bam文件 -q 0.05 -f BAM -g mm -n suz12

#(-q FDR值，-f 輸入文件格式，-g 基因組類別，-n 輸出文件的前綴名)

#narrowPeak結(jié)尾的文件可導入進行分析