在刷Researcher時看到一篇挺有意思的文章，拿來借鑒學習下。
這是神刊Frontiers in Immunology（2022.08.15）新出的一篇。
文章大致可分為3個部分：
基因來源+基因周邊+基因泛癌分析
文章解讀：
1.基因來源
作者收集CTR-DB數(shù)據(jù)庫中PD-1/PDL1反應(yīng)治療反應(yīng)性的差異基因，最終取交集后找到CD69和SBK1兩個基因。
Fig.1
2.基因周邊
既然這兩個基因這么牛，怎么證明它牛呢？進行基因的周邊分析①準確反應(yīng)免疫治療的反應(yīng)性；②在Response和Non-response組差異表達；③與PD1/PDL1表達相關(guān)性分析。
Fig2+Fig3A-C
3.基因泛癌分析
既然CD69和SBK1能夠反應(yīng)肺癌和黑色素瘤的免疫治療反應(yīng)，那么在其他腫瘤的結(jié)局又是怎么樣呢？
——TCGA是現(xiàn)成的腫瘤分析數(shù)據(jù)庫，拿來直接用吧。
3.1 基因表達
作者分析了CD69和SBK1在TCGA泛癌中的表達，并分析其PPI互作網(wǎng)絡(luò)。
Fig.3D-H
3.2 基因預后
表達已分析，是不是跟預后有關(guān)？
——作者將CD69和SBK1進行泛癌生存分析。
Fig.4
3.3 基因免疫分析
既然是CD69和SBK1與免疫治療反應(yīng)有關(guān)，那么就來分析下免疫相關(guān)的內(nèi)容吧。
Fig.5 免疫檢查點+EstimateScore
Fig.6 免疫細胞浸潤+IPS評分
Fig.7 IPS評分
- 結(jié)論：CD69和SBK1表達水平可以有效預測癌癥對 PD-1/PD-L1 阻斷免疫治療的反應(yīng)。
彩蛋：
CTR-DB（http://ctrdb.cloudna.cn/home）是個寶藏網(wǎng)站，同時收集了28種腫瘤，123種藥物的藥物耐藥數(shù)據(jù)。
CTR-DB
下面就來簡單的復現(xiàn)下文章的Fig1.
Fig1A,C
參考鏈接：
CD69 and SBK1 as potential predictors of responses to PD-1/PD-L1 blockade cancer immunotherapy in lung cancer and melanoma
