1.conda的安裝
(1)下載miniconda
1.1.1
1.1.2
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(2)安裝miniconda
1.2.1
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc
1.2.2
1.2.3
1.2.4
1.2.5
1.2.6
1.2.7
1.2.8
1.2.9
1.2.10
2.conda的使用
(1)配置頻道
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
2.1.1
2.1.2
- 頻道
#清華鏡像頻道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
#北外鏡像頻道
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
#刪除頻道
vim ~./condarc
#打開后 光標放在要刪除的行上點dd
#重新配置頻道（先刪除全部配置，再重新配置）
rm ~/.condarc
再配置
- anaconda鏡像的國內大學鏡像站點
? 清華大學：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda
? 北京外國語大學：
https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
? 南京大學：
https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/
? 上海交通大學：
https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/
? 北京交通大學：
https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/
2.1.3
2.1.4(官方，建議不使用）
(2）創建環境
2.2.1
2.2.2
- 用到的語句
#創建名為rnaseq的conda小環境 -n： 指定環境名稱
conda create -n rnaseq
#啟動rnaseq這個conda小環境
conda activate rnaseq
#列出已存在的小環境
conda env list
#退出rnaseq這個conda小環境
conda deactivate
#或
conda info --env
#刪除已創建的小環境及安裝的包
conda remove -n rnaseq --all
2.2.3
(3)安裝軟件
2.3.1
2.3.2
2.3.3
2.3.4
2.3.5
2.3.6
2.3.7
2.3.8
3.conda進階技巧
(1)mamba的使用
- mamba的安裝
#切換到base環境（確保安裝在base）
conda activate base
#在base環境下安裝mamba
conda install mamba
tips： 裝在base環境中的包在小環境中依然可以調用，因此不需要在每個環境里都安裝一遍
3.1.1
- mamba命令
#搜索軟件
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc
#安裝軟件
mamba install fastqc
3.1.2
(2)版本控制和遷移
3.2.1
3.2.2
3.2.3
(3)conda報錯
3.3.1
3.3.2
3.3.3
3.3.4
3.環境變量
3.1
3.2
3.3
3.4
4.其他安裝方式
(1)二進制文件安裝
4.1.1
4.1.2
4.1.3
4.1.4
4.1.5
4.1.6
4.1.7
4.1.8
4.1.9
4.1.10
(2)源代碼安裝
4.2.1
4.2.2
4.2.3
4.2.4
4.2.5
4.2.6
4.2.7
4.2.8
4.2.9
(3)安裝Java編譯的軟件
4.3.1
4.3.2
4.3.3
4.3.4
4.3.5
4.3.6
4.3.7
4.3.8
- 生物信息學常見的1000個軟件的安裝代碼
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html
彩蛋
