簡介

• Conda 是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，可以在多個操作系統上（包括 Linux，Mac OSX 和 Windows）使用，Conda 允許用戶可以從不同的 channels下載所需的軟件包，用戶也可以自己對 channels源進行配置。

• Anaconda 是一個用于科學計算的 Python 發行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了眾多流行的科學計算、數據分析的 Python 包。Anaconda 安裝包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下載。

• Miniconda 是一個 Anaconda 的輕量級替代，默認只包含了 python 和 conda，但是可以通過 pip 和 conda 來安裝所需要的包，Miniconda 安裝包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下載。

• Bioconda是專門用來提供生信軟件的 channel，提供有超過7000個的生信軟件

Miniconda安裝包下載

• 清華大學開源軟件鏡像站 ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

• 檢索關鍵詞anaconda

  
  
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• 找到最新的Linux版本，復制地址
• 使用wget命令下載軟件包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

• 下載完成后運行

bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

• 安裝完成后，會在XXX用戶主目錄下自動生成一個Miniconda3目錄（/home/XXX/Miniconda3）
• 添加清華鏡像chanel
  Anaconda 鏡像使用幫助：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge

• 運行conda -V查看版本號，確認是否安裝成功

conda使用方法

usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/caoqiansheng/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  env

安裝conda后取消命令行前出現的base，取消每次啟動自動激活conda的基礎環境

• 方法一：

# 退出base環境回到系統自動的環境
conda deactivate

• 方法二

# 永久關閉默認啟動base
conda config --set auto_activate_base false
# 激活base
conda activate base
# 恢復默認啟動base
conda config --set auto_activate_base true