LoRDEC是一個利用二代測序短序列reads 矯正三代測序長reads 的工具，利用準確度高的NGS數據構建de Bruijn Graph（DBG）對三代長Reads進行糾錯，適用于PacBio和Oxford 平臺 。 https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home
Website : https://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/
Access on the ATGC platform: http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/
FAQ : https://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/FAQ/
HPC script
下載安裝方法：
最新版本v0.9
（1）支持coda 安裝，conda install -c atgc-montpellier lordec
(2) 可下載Binary package https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/uploads/710113d83c210b6989ccfbdbafa89234/lordec-bin_0.9_linux64.tar.bz2
(3） 可選擇source 自己編譯
wget https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/uploads/800a96d81b3348e368a0ff3a260a88e1/lordec-src_0.9.tar.bz2
tar -jxvf lordec-src_0.9.tar.bz2
cd lordec-src_0.9
make clean all -j8
軟件需要 libc6 >=2.23 以上版本，
若低于此版本可升級新版本glibc
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.27.tar.gz
tar -xf glibc-2.17.tar.gz
cd glibc-2.17
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/usr --disable-profile --enable-add-ons --with-headers=/usr/include --with-binutils=/usr/bin
make -j 10
make install
軟件使用說明
LoRDEC v0.9
using GATB v1.4.1
website : http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/
FAQ : https://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/FAQ/
./lordec-correct
-i|--long_reads <long read FASTA/Q file>
-2|--short_reads <short read FASTA/Q file(s)>
-k|--kmer_len <k-mer size>
-o|--corrected_read_file <output reads file>
-s|solid_threshold <solid k-mer abundance threshold>
[-t|--trials <number of paths to try from a k-mer>]
[-b|--branch <maximum number of branches to explore>]
[-e|--errorrate <maximum error rate>]
[-T|--threads <number of threads>]
[-S|--stat_file <out statistics file>]
[-c|--complete_search]
[-a|--abundance-max <abundance max threshold for k-mers>]
[-O|--out-tmp <GATB graph creation temporary files directory>]
[-p|--progress]
[-g|--graph_named_like_output]
../lordec-correct -T 12 -2 ill-test-5K-1.fa,ill-test-5K-2.fa -k 19 -s 3 -a 10000 -i pacbio-reads.fa -o corrected-pacbio-reads.fa &> mylog.log
-2 輸入NGS 數據，支持fastq和fasta 格式，以及.gz的壓縮格式
雙端reads 以逗號隔開。如果輸入多個fastq文件,則矯正時候會以所有的reads構建graph,然后矯正每條pacbio reads。
注意：如過是pair-end 序列，LoRDEC并不考慮配對信息，兩個單端的library 無本質區別，且pair-end 的strand 方向對矯正無影響。
輸入文件最好不要指定類似路徑~/ ../ ，可能會出現以下錯誤
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.18) thread 0
major: File accessibilty
minor: Unable to open file
另外，如果多個數據用到同一組NGS數據矯正，可以保存graph 文件為.h5格式，用于以后的矯正。
-a 矯正使用的最高coverage 可之指定高的數值，例如10000
-s 矯正使用的最低coverage 一般指定為3
-k kmer 數值越大，花費時間越多，可以測試多個數值，如19， 31, 41
