三代數據中錯誤主要是隨機錯誤和Indel，一方面可以通過CCS、Arrow等三代內部自糾錯，另一方面也可借助二代高通量短序列進行進一步糾錯。目前已經有幾款工具，本文主要介紹LoRDEC。
一、三代糾錯軟件
二、LoRDEC工作原理
（1）特點
用簡潔的deBruijn圖代表二代數據；比相似的軟件快6倍，存儲少93%
（2）原理
首先，利用準確度高的二代數據（NGS數據）構建簡潔的de Bruijn Graph（DBG）；然后，依次對每條PacBio長讀長Reads進行糾錯。該軟件使用C++語言編寫，運行速度快，借助k-mer構建DBG圖內存空間較小。
（3）步驟
1. 過濾掉weak的kmer；
2. 使用solid kmers構建DBG并通過GATB存儲；
3. 依次將每條三代長讀長序列遍歷DBG進行糾錯；
??? 3.1 序列內部糾錯
? ????? （1） 選取1對source、target solidkmer；
? ? ??? （2） 通過source kmer 、target kmer和branch找到DBG里面的相應的路徑；
? ? ??? （3） 以最小編輯距離的原則，選取最優路徑糾正錯誤區域；
??????? （4） 考慮到第一步過濾得到的solid序列仍有假陽性，故設定多對source、target solid kmer。
??? 3.2 序列頭、尾糾錯（Head/Tail）
? ??? ? （1） 只有source kmer ，缺少target kmer；
??????? （2）通過source kmer在DBG上查找所有路徑（直到branch太多或者是末節點）；
??????? （3）按照得分選取最優路徑；
??????? （4）當內部錯誤找不到source、target solid kmer時，按照Head錯誤的方式進行糾錯。
三、LoRDEC的使用
（1）下載
可以從官網直接下載最新版本： https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home，需要安裝一些配套的資源，下載、安裝均可參考其說明。
但也有整合好第三方支持的編譯好的版本：http://gatb-tools.gforge.inria.fr/versions/bin/，我這里下載的是0.5.3版本。
（2）使用
??? 1. 校正PacBio reads
???? lordec-correct -k 19 -s 3 -a 5 -2 NGS.fq -i? Iso.fa -T 4 -S statistics.txt -m 20G -o CorrectHQ.fa
? ? ? k-mer（-k）：小基因組設置為19； 大基因組設置為21；豐度閾值（-s）設置為2或3
??? 2. 統計
? ?? lordec-stat -T 2 -a 5 -i Iso.fa -2 NGS.fq -k 19 -s 3 -S lordec_stat.txt
??? 3. trim校正后的PacBio序列
????? lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa
??? 4. trim和分割校正后的PacBio序列
????? lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa
??? 5. 建立和保存二代數據的DBG
???? lordec-build-SR-graph -T 6 -m 20000 -a 5 -k 19 -s 3 -2 NGS.fq -g graph_file.txt
四、參考資料
[1] https://www.cnblogs.com/leezx/p/6098362.html
[2] http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/
[3] https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu538
