三代數(shù)據(jù)中錯(cuò)誤主要是隨機(jī)錯(cuò)誤和Indel，一方面可以通過(guò)CCS、Arrow等三代內(nèi)部自糾錯(cuò)，另一方面也可借助二代高通量短序列進(jìn)行進(jìn)一步糾錯(cuò)。目前已經(jīng)有幾款工具，本文主要介紹LoRDEC。
一、三代糾錯(cuò)軟件
二、LoRDEC工作原理
（1）特點(diǎn)
用簡(jiǎn)潔的deBruijn圖代表二代數(shù)據(jù)；比相似的軟件快6倍，存儲(chǔ)少93%
（2）原理
首先，利用準(zhǔn)確度高的二代數(shù)據(jù)（NGS數(shù)據(jù)）構(gòu)建簡(jiǎn)潔的de Bruijn Graph（DBG）；然后，依次對(duì)每條PacBio長(zhǎng)讀長(zhǎng)Reads進(jìn)行糾錯(cuò)。該軟件使用C++語(yǔ)言編寫，運(yùn)行速度快，借助k-mer構(gòu)建DBG圖內(nèi)存空間較小。
（3）步驟
1. 過(guò)濾掉weak的kmer；
2. 使用solid kmers構(gòu)建DBG并通過(guò)GATB存儲(chǔ)；
3. 依次將每條三代長(zhǎng)讀長(zhǎng)序列遍歷DBG進(jìn)行糾錯(cuò)；
??? 3.1 序列內(nèi)部糾錯(cuò)
? ????? （1） 選取1對(duì)source、target solidkmer；
? ? ??? （2） 通過(guò)source kmer 、target kmer和branch找到DBG里面的相應(yīng)的路徑；
? ? ??? （3） 以最小編輯距離的原則，選取最優(yōu)路徑糾正錯(cuò)誤區(qū)域；
??????? （4） 考慮到第一步過(guò)濾得到的solid序列仍有假陽(yáng)性，故設(shè)定多對(duì)source、target solid kmer。
??? 3.2 序列頭、尾糾錯(cuò)（Head/Tail）
? ??? ? （1） 只有source kmer ，缺少target kmer；
??????? （2）通過(guò)source kmer在DBG上查找所有路徑（直到branch太多或者是末節(jié)點(diǎn)）；
??????? （3）按照得分選取最優(yōu)路徑；
??????? （4）當(dāng)內(nèi)部錯(cuò)誤找不到source、target solid kmer時(shí)，按照Head錯(cuò)誤的方式進(jìn)行糾錯(cuò)。
三、LoRDEC的使用
（1）下載
可以從官網(wǎng)直接下載最新版本： https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home，需要安裝一些配套的資源，下載、安裝均可參考其說(shuō)明。
但也有整合好第三方支持的編譯好的版本：http://gatb-tools.gforge.inria.fr/versions/bin/，我這里下載的是0.5.3版本。
（2）使用
??? 1. 校正PacBio reads
???? lordec-correct -k 19 -s 3 -a 5 -2 NGS.fq -i? Iso.fa -T 4 -S statistics.txt -m 20G -o CorrectHQ.fa
? ? ? k-mer（-k）：小基因組設(shè)置為19； 大基因組設(shè)置為21；豐度閾值（-s）設(shè)置為2或3
??? 2. 統(tǒng)計(jì)
? ?? lordec-stat -T 2 -a 5 -i Iso.fa -2 NGS.fq -k 19 -s 3 -S lordec_stat.txt
??? 3. trim校正后的PacBio序列
????? lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa
??? 4. trim和分割校正后的PacBio序列
????? lordec-trim -i CorrectHQ.fa -o lordec_trimmed_reads.fa
??? 5. 建立和保存二代數(shù)據(jù)的DBG
???? lordec-build-SR-graph -T 6 -m 20000 -a 5 -k 19 -s 3 -2 NGS.fq -g graph_file.txt
四、參考資料
[1] https://www.cnblogs.com/leezx/p/6098362.html
[2] http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/
[3] https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu538
