群體結(jié)構(gòu)分析 | Pophelper 的“平替版”

寫在前面

終于到了這一天,我又撿起了七八年做群體分析的技能....只是那會我畫圖就用 ggplot2,而現(xiàn)在我只用「TBtools」。基于重測序數(shù)據(jù)的群體結(jié)構(gòu)分析,很多時候,我們會用一款軟件,即 Admixture(替代傳統(tǒng)的 Structure,后者太慢了)。輸出的結(jié)果可視化,才能方便下游分析。大概可視化結(jié)果是這樣



Emmm...圖片從 Pophelper 軟件文檔復(fù)制過來。
為了做這個可視化,我花了大半天看了 Pophelper 的軟件文檔,這是一個 R 包。使用起來,極其復(fù)雜。說實話,真的搞不清楚作者到底是想干什么。花了一點時間,出了個圖,但是呢加個標(biāo)簽也很難。確實受不了。索性自己寫一個.....30min不到,我就搞定這個圖了。



說實話,比 Pophelper 好看,關(guān)鍵是用起來簡單。很多時候,我們只是要做個簡單的可視化,并不需要一大堆的參數(shù),細(xì)節(jié)控制。后者我們可以 AI 啊。

使用教程

整體上,這個功能的使用,只需要一張圖,即可說明。



左側(cè)放入不同的 Q 矩陣,右側(cè)是可選項,如果你要加上標(biāo)簽,可以加上。
最下面的 Sort Mode ,可以對個體進(jìn)行排序,默認(rèn)按照血統(tǒng)比例排序....

寫在最后

Emmm,挺簡單的。這個功能....

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