轉自：https://blog.csdn.net/niuhuihui_fei/article/details/73106998?locationNum=14&fps=1
SAM和BAM是序列比對之后常用的輸出格式
比如tophat輸出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。
BAM格式其實就是SAM格式的二進制格式，占用存儲空間更小。
samtools由中國學者開發，專門用于sam/bam格式文件的各種操作。
1.bam文件讀取
samtools view xxx.bam
samtools view xxx.bam |less
2.bam和sam的區別與一致
sam是帶有比對信息的序列文件（即告訴你這個reads在染色體上的位置等），用于儲存序列數據（SAM ?format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. ）。
BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二進制文件主要是為了節約空間，計算機機可讀。可以用samtools工具實現sam和bam文件之間的轉化。
二者都是fastq文件經過序列比對或者mapping后輸出的格式（其儲存的信息都是一致的）
3.資料來源：
Samtools官網：http://samtools.sourceforge.net/
UCSC 上對BAM Track Format介紹：genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bam.html
Samtools應用實例：https://wikis.utexas.edu/display/CoreNGSTools/SAM+format+and+samtools
Samtools參考文獻：The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools
對SAM每一列的詳細解釋： http://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM
SAM格式解釋及specification介紹： http://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM
能利用或產生SAM/BAM的NGS軟件：http://samtools.sourceforge.net/swlist.shtml
4.格式（sam與bam格式是一致）
SAM格式分為header section（頭部分，注釋信息，以@開頭，可有可無）和alignment section（比對結果）兩個部分。
其中header section用不同的tag表示不同的信息，主要有@HD，說明符合標準的版本、對比序列的排列順序；@SQ，參考序列說明；@RG，比對上的序列（read）說明；@PG，使用的程序說明；@CO，任意的說明信息。Tag以鍵值對的形式存在。
alignment section 必須由11個字段組成 ，以tab分開。如果其內容沒有獲得，可以用*或者0代替。
QNAME, FLAG, RNAME, POS, MAPQ, CIGAR, MRNM, MPOS, ISIZE, SEQ, QUAL
