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安裝及具體使用見主頁
要注意GPU的配比問題,例如在我們的服務器上使用：
freen | grep -E 'Partition|----|gpu'
查看可用的GPU以及每個GPU的限制。
我們服務器上已經安裝了該軟件，所以直接調用module,需要自己準備包含蛋白氨基酸序列的protein.fa
#!/bin/bash
#SBATCH --time=8:00:00
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=100g
#SBATCH --gres=lscratch:200,gpu:p100:1
#SBATCH --mail-type=END,TIME_LIMIT_90,FAIL
module load alphafold2
out_dir=/your_dir
run_singularity \
--model_preset=monomer_casp14 \
--fasta_paths=$out_dir/protein.fa \
--max_template_date=2020-05-14 \
--output_dir=$out_dir
