官方手冊——上
用戶手冊非常詳細，這里只是選擇了個人認為能用到的一些知識并會做個總結。較長，簡單應用可以直接查看標題12.5和13對應的實戰演練，如有需要再對應查看前面幫助文檔或者官方手冊
1—4. 下載軟件及基本頁面熟悉
具體見用戶手冊
3.命令行參數
Cytoscape可以識別許多可選的命令行參數，包括網絡文件，節點和邊緣數據文件以及會話文件的運行時規范。這是使用“ -h”或“ –help”標志執行Cytoscape時生成的輸出：
cytoscape.{sh|bat} [OPTIONS]
-h,--help Print this message.
-v,--version Print the version number.
-s,--session <file> Load a cytoscape session (.cys) file.
-N,--network <file> Load a network file (any format).
-P,--props <file> Load cytoscape properties file (Java properties
format) or individual property: -P name=value.
-V,--vizmap <file> Load vizmap properties file (Cytoscape VizMap
format).
-S,--script <file> Execute commands from script file.
-R,--rest <port> Start a rest service.</pre>
可以直接運行命令或者腳本文件：
5.建立網絡
在Cytoscape中創建網絡的方法有4種：
導入預先存在的固定格式的網絡文件。
導入預先存在的，未格式化的文本或Excel文件。
從公共數據庫導入數據。
創建一個空網絡并手動添加節點和邊。
5.1。導入固定格式的網絡文件
可以使用“支持的網絡格式” 部分中描述的任何格式來指定網絡文件 。通過File→Import將網絡導入Cytoscape 。網絡文件可以直接位于本地計算機上，也可以位于遠程計算機上（在這種情況下，將使用URL進行引用）。
從本地計算機加載網絡
為了從本地文件加載網絡，您可以選擇文件→導入→從文件網絡…或
選擇網絡文件后，將彈出另一個對話框。在這里，您可以選擇為新網絡創建新的網絡集合，也可以將新網絡加載到現有的網絡集合中。選擇后者時，請確保選擇正確的映射列，以將新網絡映射到現有網絡集合。
或者，您可以簡單地將網絡文件從桌面拖放到“網絡”列表（“控制面板”）中，而不用從菜單選項中選擇文件。
也可以使用-N選項直接從命令行加載SIF，GML和XGMML格式的網絡文件。
從遠程計算機加載網絡（URL導入）
要從遠程文件加載網絡，可以選擇文件→導入→從URL網絡…。在導入網絡對話框中，手動或使用URL書簽插入適當的URL。可以通過單擊文本字段右側的箭頭來訪問帶有書簽的URL（有關書簽 的更多詳細信息，請參閱“首選項”中的“書簽管理器 ”）。另外，您可以將鏈接從Web瀏覽器拖放到URL文本框。指定URL后，單擊“確定”按鈕以加載網絡。
網絡導入的另一個問題是防火墻的存在，防火墻會影響計算機可以訪問哪些文件。要變通解決此問題，Cytoscape支持使用代理服務器。要配置代理服務器，請轉到編輯→首選項→代理設置…。這在“首選項” 部分中進一步描述 。
5.2。從未格式化的表文件導入網絡
Cytoscape支持使用File→Import→Network from File…從分隔的文本文件和Excel工作簿中導入網絡。交互式GUI允許用戶為指定的文件指定解析選項。屏幕提供預覽，顯示在給定當前配置的情況下如何解析文件。隨著配置的更改，預覽會自動更新。除了指定如何解析文件之外，用戶還必須選擇代表源節點和目標節點的列以及可選的邊緣交互類型。有關詳細說明，請參見下面的基本操作。
支持的文件
導入功能支持帶分隔符的文本文件和Microsoft Excel工作簿。對于具有多個工作表的Excel工作簿，可以一次選擇一個工作表進行導入。以下是樣本表文件：
| 源點 | 靶點 | 相互作用 | 邏輯值 | 字符串數據 | 小數數據 |
|---|---|---|---|---|---|
| YJR022W | YNR053C | pp | true | abcd12371 | 1.2344543 |
| YER116C | YDL013W | pp | true | abcd12372 | 1.2344543 |
| YNL307C | YAL038W | pp | false | abcd12373 | 1.2344543 |
| YNL216W | YCR012W | pd | true | abcd12374 | 1.2344543 |
| YNL216W | YGR254W | pd | true | abcd12375 | 1.2344543 |
網絡表文件應至少包含兩列，以創建具有邊緣的網絡。如果文件只有一列，則創建的網絡將不包含任何邊。交互類型是此格式的可選。因此，最小的網絡表如下所示：
| 源點 | 靶點 |
|---|---|
| YJR022W | YNR053C |
| YER116C | YDL013W |
| YNL307C | YAL038W |
| YNL216W | YCR012W |
| YNL216W | YGR254W |
網絡表文件中的一行代表邊緣及其邊緣數據列。這意味著將網絡文件視為網絡數據和邊緣列數據的組合。一個表可能包含的列并不意味著是邊緣數據。在這種情況下，您可以通過單擊預覽窗口中的列標題來選擇不導入那些列。當導入如下所示的數據表（1）時，此功能很有用：
此數據文件是制表符分隔的文本文件，包含網絡數據（交互），邊緣數據和節點數據。要從該表導入網絡和邊緣數據，請選擇“唯一ID A”作為源，選擇“唯一ID B”作為目標，并選擇“交互者類型”作為交互類型。接下來，關閉用于節點數據的列（備用ID A，種類B等）。可以將其他列作為邊緣數據導入。
網絡導入功能無法導入節點表列-只能導入邊緣表列。要從該表導入節點表列，請參見 本手冊的“節點和邊列數據”部分。
注（1）：此數據取自 Andrew Garrow，Yeyejide Adeleye和Guy Warner的A合并人類交互基因組數據集（Unilever，安全與環境保證中心，2006年10月12日）。實際數據文件可從http://wiki.cytoscape.org/Data_Sets/獲得。
基本操作
要從text / Excel表導入網絡，請按照以下步驟操作：
-
選擇文件→導入→從文件網絡…或
在工具欄上單擊 。_images / Cy3_icon_net_file_import.png 在文件選擇器對話框中選擇一個表文件。
-
通過指定哪些數據列包含“源交互”，“目標交互”和“交互類型”來定義交互參數。單擊任何列標題右側的箭頭將打開用于選擇源，交互和目標的界面：
_images / ImportNetworkDialogDetails.png -
（可選）定義邊緣表列（如果適用）。網絡表文件除網絡數據外，還可以具有邊緣表列。
啟用/禁用表列：您可以通過在列編輯器中選擇[attachment：disablecolumn.png]符號來啟用/禁用列數據。
更改列名稱和數據類型：您還可以在列編輯器中修改列名稱和數據類型。有關更多詳細信息，請參見下面的“修改列名稱/類型”。
單擊確定按鈕。
導入無邊節點列表
表導入功能支持無邊節點列表。如果僅選擇一個源列，它將創建一個沒有交互的網絡。對于某些Web服務客戶端可用的節點擴展功能，此功能很有用。請閱讀從外部數據庫導入網絡一節 以獲取更多詳細信息。
高級選項
您可以通過單擊主導入 界面中的“高級選項”按鈕來選擇多個選項。
定界符：您可以為文本表選擇多個定界符。默認情況下，“制表符”和“空格”被選擇為分隔符。
默認互動
傳輸第一行作為列名：選擇此選項將導致所有邊緣列根據該列中的第一個數據條目命名。
開始導入行：設置要從表的哪一行開始導入數據。例如，如果要跳過文件中的前3行，請為此選項設置4。
忽略以下字符開頭的行：不會導入以該字符開頭的行。此選項可用于跳過文本文件中的注釋行。
修改列名稱/類型
在“從表導入網絡”界面中，可以通過單擊任何列標題來更改列的名稱和數據類型：
列名和數據類型可以在此處修改。
修改列名-只需輸入一個新的列名。
-
修改列數據類型-支持以下列數據類型：
字符串
邏輯值（真/假）
整數
小數
字符串/邏輯值/整數/小數（之一）的列表
Cytoscape具有基本的數據類型檢測功能，可根據其條目自動建議列數據類型。通過從提供的單選按鈕中選擇適當的數據類型，可以覆蓋此設置。對于列表，必須指定全局定界符（即，表中的所有單元格都必須使用相同的定界符）。
5.3。從公共數據庫導入網絡
Cytoscape允許您從公共數據庫導入網絡。用戶可以通過此功能在文件→導入→從公共數據庫訪問網絡…下訪問各種 數據庫。一個搜索欄，也可在頂部網絡的面板 控制面板。從搜索欄中，您可以直接訪問多個公共數據庫。
什么是Web服務？
Web服務是一種標準的，與平臺無關的機制，用于計算機通過Internet進行交互。如今，許多主要的生物數據庫都使用Web服務API發布其數據：
生物Web服務列表：http： //taverna.sourceforge.net/services
EBI的Web服務：http：//www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/
Cytoscape核心開發人員團隊已使用此框架開發了多個Web服務客戶端。Cytoscape支持許多Web服務，包括：
PSICQUIC：用于生物相互作用數據集的標準Web服務。此處提供了PSICQUIC兼容數據庫的完整列表 。PSICQUIC可從搜索欄獲得。
路徑共享：來自路徑和網絡資源的集成數據。此處提供了補充資源的完整列表。可以從文件→導入→網絡→公共數據庫…訪問Pathway Commons 。
STITCH和STRING：STITCH是化學物質和蛋白質之間已知和預測相互作用的數據庫。STRING是已知和預測的蛋白質-蛋白質相互作用的數據庫。可從搜索欄和文件→導入→網絡→公共數據庫…獲得STITCH和STRING 。
NDEx：網絡數據交換（NDEx）項目提供了一個開放源代碼框架，科學家和組織可以在此共享，存儲，操縱和發布生物網絡知識。NDEx可從搜索欄獲得。
示例：從NDEx檢索網絡
在搜索欄中，從下拉菜單中選擇NDEx，然后輸入一個或多個搜索詞，例如BRCA1。
單擊Enter開始搜索。
在CyNDEx-2瀏覽器對話框中，單擊網絡的“導入”按鈕以將其加載到Cytoscape中并可視化。完成網絡加載后，關閉對話框。
您可以通過多種方式瀏覽網絡：
按列排序（通過“排序依據”下拉列表）或排序已排序的列（通過“降序/升序”下拉列表）
-
使用您的NDEx用戶帳戶在網絡列表中啟用搜索
通過訪問NDEx Public Server網站創建NDEx帳戶
將配置文件添加到CyNDEx-2瀏覽器（通過單擊右上角的“匿名”憑據可訪問的配置文件表單）
單擊網絡表頂部的“我的網絡”復選框
-
在對話框頂部的搜索欄中輸入新查詢
- 通過搜索中使用uuid：選擇器發送給您的UUID查找網絡（例如，uuid：50e3dff7-133e-11e6-a039-06603eb7f303）
與NDEx一樣，CyNDEx-2使用標準的Lucene語法作為其網絡搜索語言。有關更多信息，請參見在NDEx中搜索網絡。有關CyNDEx-2的更多信息，請參見CyNDEx-2 App Store頁面。
請注意，您可以使用“導出”選項將網絡保存回NDEx數據庫。
也可以通過Cytoscape主工具欄中的NDEx按鈕訪問NDEx瀏覽和保存對話框，單擊時將顯示兩個菜單操作。
5.4。創建新網絡或手動編輯一個
也可以創建一個新的空網絡，并手動添加節點和邊。要創建一個空網絡，請轉到文件→新建網絡→空，然后通過右鍵單擊網絡畫布或節點上的方法手動添加網絡組件。您可以使用相同的過程來編輯現有網絡。
添加節點
要添加新節點，請右鍵單擊網絡視圖面板的空白區域。從彈出菜單中選擇添加→節點項。
添加邊緣
要添加邊緣以連接節點，請右鍵單擊源節點。從彈出菜單中選擇 編輯→添加邊緣。接下來，單擊目標節點。下圖顯示了在兩個節點之間繪制邊緣的兩個步驟。您可以通過按Esc鍵中止邊緣的繪制。您也可以選擇兩個或多個要連接的節點，然后在右鍵菜單中選擇“添加”→“連接所選節點的邊”以創建連接所有所選節點的邊。
您可以通過選擇多個節點和邊，然后選擇“編輯”→“剪切”來刪除節點和邊。您也可以從“編輯”菜單下的“編輯”→“刪除選定的節點和邊線…”下刪除選定的節點和邊線。您可以通過編輯→撤消來恢復從網絡中刪除的所有節點和邊。
分組節點
可以將任意數量的節點組合在一起，并顯示為一個組節點或單個節點。要創建組，請選擇兩個或多個節點，然后單擊鼠標右鍵以選擇Group→Group Selected Nodes。系統將提示您選擇組節點的名稱。創建組后，您可以使用右鍵菜單折疊或展開該組。您還可以通過雙擊組節點或其任何子節點來回切換來快速折疊/展開組。
擴展組
GroupExpanded2.png
分組節點的外觀和行為取決于創建組時有效的組設置。可以管理整個Cytoscape會話的設置（通過“編輯”→“首選項”→“組首選項...”）或特定組的管理（右鍵單擊“首選項”→“組首選項...”）。
添加網絡注釋
可以通過右鍵單擊畫布上的任意位置并選擇“添加”菜單中的“注釋”選項之一，將文本，圖像或形狀形式的注釋添加到網絡畫布。您可以添加自己的圖像，從形狀庫中選擇圖像或添加純文本或有界文本。形狀和文本是可自定義的，并且可以從右鍵單擊上下文菜單中編輯任何添加的注釋。
