皮爾遜相關系數
它是一種度量兩個變量間相關程度的方法。它是一個介于 1 和 -1 之間的值,其中,1 表示變量完全正相關, 0 表示無關,-1 表示完全負相關。
怎樣解讀spss皮爾遜 P值和r值?
r值就是皮爾遜相關系數的大小,代表了相關的強度,即兩個變量共變性的程度,取值范圍為(-1,1)。
p值是顯著性,與皮爾遜相關顯著性檢驗有關,P<0.05時表示相關顯著,即在當前的樣本下可以明顯的觀察到兩變量的相關,兩個變量的相關有統計學意義。
箱線圖
能提供有關數據位置和分散情況的關鍵信息,尤其在比較不同的母體數據時更可表現其差異。
如上圖所示,標示了圖中每條線表示的含義,其中應用到了分位值(數)的概念。
Kaplan-Meier生存曲線
隨訪研究,如對 某人群進行跟蹤,直至出現一個特殊事件或終點,如死亡、癌癥復發等,對所有研究對象從某特定時間點開始追蹤,記錄出現特殊事件的時間。通常,當所有研究對 象出現該事件時研究才結束,但也有些研究對象可能失訪,或者研究提前結束,這樣就有一些對象的結局未知,對這些對象記錄跟蹤的時間(截尾數據)。
假設檢驗中的P值
假設檢驗是推斷統計中的一項重要內容。用SAS、SPSS等專業統計軟件進行假設檢驗,在假設檢驗中常見到P值( P-Value,Probability,Pr),P值是進行檢驗決策的另一個依據。
P值即概率,反映某一事件發生的可能性大小。統計學根據顯著性檢驗方法所得到的P 值,一般以P < 0.05 為顯著, P<0.01 為非常顯著,其含義是樣本間的差異由抽樣誤差所致的概率小于0.05 或0.01。實際上,P值不能賦予數據任何重要性,只能說明某事件發生的機率。
主要包含六個數據節點,將一組數據從大到小排列,分別計算出他的上邊緣,上四分位數Q3,中位數,下四分位數Q1,下邊緣,還有一個異常值。
生存分析中的p值
是表示這兩組之間的生存率是否有差異。
因為一般生存分析研究的都是一個實驗組的治療方法之類的, 一個對照組的傳統方法之類。通過生存分析對比,可以發現兩組生存率之間是否存在差異,繼而說明兩種實驗處理是否有差異,或者哪種處理更有效
是整體比較,比如你的生存時間是5年的,那自然是比較整體5年下來的生存率,如果你的生存時間是10年的跟蹤數據,那自然是比較整體10年下來的生存率。
生存分析比較的生存率,本來就是一個整體一段時間持續下來的生存率,而不是單個時間點的生存率
數據的標準化與中心化
數據標準化是指:數值減去均值,再除以標準差;所謂中心化, 是指變量減去它的均值.
免疫印跡(immunoblotting)
又稱蛋白質印跡(Western blotting),是一種借助特異性抗體鑒定抗原的有效方法。該方法是在凝膠電泳和固相免疫測定技術基礎上發展起來的一種新的免疫生化技術,既具有凝膠電泳的高分辨率又具備固相免疫測定的高特異性和高靈敏性,可檢測1-5ng的中等大小蛋白。其優點是方法簡便、標本可長期保存、結果便于比較,故被廣泛應用于分子生物學等領域,成為一種常用的一種研究方法。
生物學中的保守性
保守性一般是在進化理論中應用較多,“保守性好”指的是發生突變的幾率低。以蛋白為例,一般用于進化或物種親緣關系分析的蛋白都含有可變部分——非保守區,和穩定部分——保守區。
真核基因表達調控的順式作用元件
順式作用元件(cis-acting element)是指DNA分子上對基因表達有調節活性的特定核苷酸序列。順式作用元件的活性只影響同一DNA分子上的基因。這種DNA序列多位于基因上游或內含子中。
真核基因的順式作用元件按其功能可以分為:啟動子、增強子和靜止子。
啟動子的結構和功能
啟動子是轉錄因子和RNA聚合酶的結合位點,位于受其調控的基因上游,鄰近基因轉錄起始點,是基因的一部分。
增強子的結構和功能
增強子(enhancer),又稱強化子(transcriptional enhancer),是一種遠端調控元件,至少距轉錄起始點上游100bp以上,通常位于-700~-1000處,所以又稱為上游激活序列(upstream activator sequence, UAS)。
增強子也要通過與特定的蛋白質因子(轉錄因子)結合而實現其對轉錄的增強作用。
靜止子
是一種類似增強子但起負調控作用的順式作用元件。有人稱為沉默基因。靜止子與相應的反式作用因子結合后,可以使正調控系統失去作用。
真核基因調控的反式作用因子
不論是啟動子還是增強子序列,他們的轉錄調節功能都是通過與特定的DNA結合蛋白的相互作用而實現的。
真核生物的RNA聚合酶與原核生物的RNA聚合酶不同,它本身不能啟動轉錄,純化了的真核生物RNA聚合酶在體外是不能啟動轉錄的。因此必須事先有一套轉錄因子裝配到啟動子上,RNA聚合酶才能啟動轉錄。
這些轉錄因子一般并不是RNA聚合酶的組成成分。
能直接或間接識別各種順式調控元件并與之結合從而調控基因轉錄效率的各種蛋白質分子稱為反式作用因子 (trans-acting factor)。
能激活真核生物基因轉錄的蛋白質稱為轉錄因子(transcription factor, TF)。轉錄因子是參與正調控的反式作用因子,是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需要的輔助因子。
免疫印跡
是根據抗原抗體的特異性結合檢測復雜樣品中的某種蛋白的方法。
將混合抗原樣品在凝膠板上進行單向或雙向電泳分離, 然后取固定化基質膜與凝膠相貼。在印跡紙的自然吸附力、電場力或其它外力作用下, 使凝膠中的單一抗原組份轉移到印跡紙上, 并且固相化。最后應用免疫覆蓋液技術如免疫同位素探針或免疫酶探針等, 對抗原固定化基質膜進行檢測和分析。
小干擾RNA(Small interfering RNA;siRNA)
有時稱為短干擾RNA(short interfering RNA)或沉默RNA(silencing RNA),是一個長20到25個核苷酸的雙股RNA,在生物學上有許多不同的用途。
CpG
CpG表示核苷酸對,其中G在DNA鏈中緊隨C后。CpG對很少出現在人類基因中。然而,在許多基因的啟動子(promotor)或轉錄起始位點(transcription start site,TSS)區域周圍,甲基化經常被抑制。這些區域包含濃度相對較高的CpG對,與染色體一起稱作CpG島,其長度通常在幾百到幾千核苷酸的長度內變化。
CpG島(CpG island)
CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一,而在基因組的某些區段,CpG保持或高于正常概率,這些區段被稱作CpG島,在哺乳動物基因組中的1~2kb的DNA片段,它富含非甲基化的CpG雙倍體。
陽性和陰性選擇
所謂陰性和陽性指的是細胞生存下來的條件。陽性選擇指的是只有反應的細胞才能生存,否則凋亡。陰性選擇指的是只有不反應的細胞才能生存,否則凋亡。
對于B細胞來說
陰性選擇指的是只有在骨髓發育中不予自身抗原反應的B細胞才能生存;陽性選擇指的是在外周在體細胞高頻突變的過程中能高親和力識別T細胞提呈的B細胞才能增殖。B細胞是先陰選后陽選
對于T細胞來說
陽性選擇指的是只有在胸腺皮質發育中識別MHC分子的T細胞才能生存;陰性選擇指的是只有在胸腺髓質發育中不予自身抗原反應的T細胞才能生存;T細胞是先陽選后陰選
微衛星(microsatellite)
一般指基因組中由短的重復單元(一般為1~6個堿基)組成的DNA串聯重復序列。
微衛星DNA符合孟德爾遺傳模式,共顯性表達,廣泛分布于真核生物的基因組中,包括編碼區和非編碼區.研究表明,可能是DNA復制過程中的“鏈滑”(strand slippage)現象造成微衛星DNA多態性信息容量(polymorphic information content, PIC)較高.
由于微衛星具有數量多、在基因組內分布均勻、多態性信息豐富、易于檢測等優點被作為優良的遺傳標記(genetic marker)而得到廣泛應用。
根據重復單元的構成與分布,微衛星DNA序列被分為3種類型:單一型(pure),復合型(compound)和間斷型(interrupted), 例如:
單一型:ATATATATATATATATATATATAT
復合型: ATATATCACACACACACACAC
間斷型: ATATATCA ATATATCA ATATATA
遺傳圖譜
某一物種的染色體圖譜(也就是我們所知的連鎖圖譜),顯示所知的基因和/或遺傳標記的相對位置,而不是在每條染色體上特殊的物理位置。由遺傳重組測驗結果推算出來的、在一條染色體上可以發生的突變座位的直線排列(基因位點的排列)圖。
遺傳圖譜即遺傳連鎖圖譜,是基因組研究中的一個重要組成部分,它是指基因組中基因以及專一的多態性標記之間相對位置的圖譜。即通過兩點測驗和三點測驗對統計的各種帶型個體數進行連鎖分析計算,建立連鎖群。也可從第二個標記開始,測驗與前一個標記是否協同分離。根據分離資料,用最大似然法估計不同標記位點間的重組率數值并轉換成遺傳距離,連鎖的遺傳標記間距離,一般用cM表示,IcM為同源染色體配對期望交換值1%的染色體長度。隨著計算機技術的發展,目前已有多個構建遺傳圖譜的軟件,研究者用的較多的軟件主要有MapMaker及 JoinMap 3.0 。
Spike-in Control:添加/加入(某種物質)的對照(組)
在某些情況下,待檢驗樣本中不含待測物質或者含有但是濃度很低,為了證明自己建立的方法能對樣本中待測物質進行有效的檢測,可在待檢樣本中加入一定量的待測物質(外標)來進行該方法檢測能力的驗證。有時,這種加入外標的物質,也可用作為陽性對照。
Genetic Mosaic
In genetics, a mosaic, or mosaicism describes the presence of two or more populations of cells with different genotypes in one individual, who has developed from a single fertilized egg.Mosaicism has been reported to be present in as high as 70% of cleavage stage embryos and 90% of blastocyst-stage embryos derived from in vitro fertilization.
全基因組擴增(whole genome amplification, WGA)
WGA是一組對全部基因組序列進行 非選擇性擴增的技術,其目的是在沒有序列傾向性的前提下大幅度增加 DNA 的總量。其中最具代表性方法是 DOP-PCR 和 PEP-PCR。 DOP-PCR 和 PEP-PCR 的基本原理都是通過其隨機引物與基因組 DNA 多處退火從而使大部分基因組序列得到擴增。DOP-PCR 的引物是由其 3′和 5′端的特異核苷酸序列和中間的 6 個核苷酸構成的隨機引物組成。PEP-PCR 的引物是由15 個隨機核苷酸組成的完全隨 機引物。