stackbar.jpg
今天要學習的圖來自2021年10月29號發表在的Nature Communication上的一篇文章，題目是【新冠肺炎患者呼吸道菌群組成及其與宿主相互作用的臨床研究】。今天先來復現其中的一幅物種豐度堆積柱狀圖。
Snipaste_2021-11-11_00-04-49
DOI:10.1038/s41467-021-26500-8
[TOC]
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讀圖
Snipaste_2021-11-15_21-09-21
該圖為分組的物種屬水平的相對豐度堆積柱狀圖。其中只顯示了前15豐度的屬，剩下的屬都歸于others里
示例數據及作圖前準備
由于作者給開源的數據設置了權限，就用手上的Phylum水平的絕對豐度矩陣來作為示例。
導入數據
# 導入數據并查看數據集格式
rm(list = ls())
setwd("F:\\~\\mzbj\\mzbj_note\\NC\\3.stackbar")
phylum <- read.table('count_2Phylum.txt', sep="\t", header=T, row.names=1)
head(phylum)
> head(phylum)
KO1 KO2 KO3 KO4 KO5 KO6 OE1 OE2 OE3 OE4
Acidobacteria 52 69 39 45 50 59 196 90 140 55
Actinobacteria 7771 13581 10242 10116 6305 8058 8130 10355 10470 8324
Armatimonadetes 2 1 1 2 0 4 2 7 2 5
Bacteroidetes 845 821 2766 1059 1889 782 975 2408 2783 2250
Candidatus_Saccharibacteria 1 1 6 0 33 4 0 10 1 0
Chlamydiae 4 2 0 0 2 9 10 9 11 16
數據處理
# 將絕對豐度轉化為百分比形式的相對豐度
phylum_per <- as.data.frame(lapply(phylum, function(x) x / sum(x)))
row.names(phylum_per) <- row.names(phylum) #加一下行名
# 計算每個門水平的平均豐度 便于后續篩選
phylum.ave <- apply(phylum_per, 1, FUN=mean)
phylum.2 <- cbind(phylum_per, phylum.ave)[order(-phylum.ave),] #排個序
# 選擇豐度最高的10個門 剩下的放入others里
phylum.2 <- subset(phylum.2[1:10,], select=-phylum.ave)
# 統計others豐度
phylum.2 <- rbind(phylum.2, others=apply(phylum.2, 2, function(x){1-sum(x)}))
# 加一列行名 便于后續的長寬轉換
phylum.2 <- cbind(PhylumID=row.names(phylum.2), phylum.2)
# 長寬轉換
library(reshape2)
# 因子排個序
phylum.2$PhylumID <- factor(phylum.2$PhylumID, levels = rev(phylum.2$PhylumID))
phylum.gg <- melt(phylum.2, id.vars="PhylumID", variable.name="SampleID", value.name="Abundance")
head(phylum.gg)
> head(phylum.gg)
PhylumID SampleID Abundance
1 Proteobacteria KO1 0.66311258
2 Actinobacteria KO1 0.25731788
3 Bacteroidetes KO1 0.02798013
4 Firmicutes KO1 0.01394040
5 Chloroflexi KO1 0.01480132
6 Unassigned KO1 0.01864238
# 添加分組信息
phylum.gg$group <- c(rep('KO', 66), rep('OE', 66), rep('WT', 66)) # 根據樣本情況設置
繪制
# 為了復現文章中的圖需要的顏色包
library(wesanderson)
library(colortools)
library(ggpubr)
ggbarplot(phylum.gg, x = "SampleID", y="Abundance", color="black", fill="PhylumID",
legend="right",
legend.title="Top Phylum", main="Relative counts per Phylum",
font.main = c(14,"bold", "black"), font.x = c(12, "bold"),
font.y=c(12,"bold")) +
theme_bw() +
rotate_x_text() +
scale_fill_manual(values=c("gray",rev(wheel("skyblue3")[1:10]))) + # 顏色設置
facet_grid(~ group, scales = "free_x", space='free') +
labs(x = "Sample", y = "Relative proportion") +
theme(axis.text.x=element_blank(),
axis.ticks.x=element_blank(),
axis.title = element_text(face = "bold"),
plot.title = element_text(face = "bold"),
legend.title = element_text(face = "bold"))
ggsave(filename = "relative_counts.pdf", device="pdf", width=8, height=4)
結果展示
Snipaste_2021-11-15_22-52-59
數據及代碼
見原文：https://mp.weixin.qq.com/s/5mxpOCOnmO2prRkD6Y0Ygw
后記
關于更<u>詳細的代碼講解、作者的原代碼的一些細節以及我修改的地方</u>會在之后的視頻教程中詳細講到，有興趣的可以關注我的B站【木舟筆記】。
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