Mapman-完全上手指南-Part_2（Mapman系列之四）
系列之三推完之后，即是到校之時。從此便沒有太多時間推進教程系列。不過似乎還是有幾位朋友在等更新。索性，今晚睡覺前寫一個（心在是23點….）。
在上一篇推送中，具體介紹了Mapman三個主要的數據信息，其中有兩個從某種程度來說 必須是自己準備的。
既然數據準備好，那么本推就主要介紹數據的導入和基本的操作，或者說可視化。
導入Mapping文件
導入實驗數據
隨后，我們需要導入實驗數據。正如前面的推送中說到的，輸入的數據，可以是基因的log2FoldChang信息，也可以是基因的表達量矩陣，如RPKM，FPKM等矩陣。
同樣，建議導入數據前，文件保存為.txt 后綴的 文本文件。
如果非常不確定自己的文件是什么格式的話，那么:
- 打開Excel
- 將文件拖進去Excel中（任何詢問，直接點確定）
- 左上角，文件另存為
- 彈出的對話框，選擇 文本（制表符分隔）
- 文件名，后綴直接給.txt，如Exp.tab.txt
具體可參考下圖
如此，文件格式和文件名后綴均調整OK。那么，右鍵Experiment，隨后選擇Add Data，在彈出的對話框中，選擇剛才保存的數據文件
將實驗數據展示在通路上
剛才導入的數據，其實是Case-Control實驗的分析結果，一個Log2FC矩陣，只有兩列，即基因ID和Log2FC值，這個可以是全部被檢驗的基因的，也可以只放差異表達部分，具體看自己需要，對結果基本沒影響。
在彈出的對話框中，選擇對應的Mapping文件，也就是我們上面導入的那個，
點擊對應的熱圖可以直接查看到對應的基因ID，和具體一些數值信息。圖片中，負值反而是紅色，不符合常用配色。可以直接在菜單欄修改
在熱圖方框上，鼠標懸停（也就是稍微靜止在上面一小會），那么會出現對應BIN的功能信息。摁F2可以固定窗口
直接在圖片任一地方，鼠標右鍵菜單，其中有一項Switch Edit ModeOn，開啟這個就進入編輯模式，比如可以移動一些方框
換一個圖更直接一些
變成
或者
變成
移動完成后，鼠標右鍵，Switch Off.. 即可回歸映射分析模式。
而直接在熱圖方框上鼠標右鍵，會出現類似的菜單欄，不過可以做一些另外的調整，比如
完成所有調整之后，菜單欄File，點擊并選擇Export as image，即可導出圖片
注意，設定分辨率，雖然感覺上…似乎有些圖片格式（如jpg），似乎并沒有分辨率的概念。
導入表達量矩陣
類似的操作，我們可以直接導入一個表達量矩陣，這個矩陣包括了所有基因在所有樣本中的表達量
鼠標右鍵，圖片，選擇Options，我們也可以調整為柱形圖
柱形圖其實….感覺上并沒有太多意義，一般可以用折線圖同時展示多組數據，
對于折線圖，如果是時間序列的數據，可能非常有用。
右鍵折線圖，Show Details，可查看具體基因的表達趨勢
比較兩個樣本在泛素化和自噬相關通路的基因表達變化情況
、
就到這里
嗯，沒想到，大體寫一寫，還是花了個把鐘頭。希望對不了解Mapman使用的朋友，有點幫助吧。具體，還是需要自行沉下來看看，畢竟Mapman主要還是一個分析工具（包括了不錯的數據庫），而似乎不是一個優秀的出圖軟件，雖然圖片還是很不錯的。
后續如果再有更新，大概是兩個推送
- 一些隱藏操作，或者不常用操作
- 制作自己的 Pathways圖片，用于Mapman展示（這個或許更有用）
參與討論交流
掃碼添加 我的個人微信
如果要直接向我提問，那么請掃碼加入我的 知識星球，發帖交流，生信相關，TBtools相關的學習討論沉淀
掃碼關注，微信公眾號 生信札記
掃碼加入（如果正好清理了人有名額的話） 純粹的生物信息交流群，bioinformatics*中國 QQ大群 （276151571）
?
