eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進行 eggnog 數據庫注釋。 eggnong數據庫全稱為evolutionary ...
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宏基因組測序分析（十）功能注釋 -
宏基因組測序分析（九）基因預測及去冗余由于原核生物編碼基因不包含內含子，由連續的編碼區構成開放閱讀框（ORF），編碼區具有容易辨別的序列特征，基因預測準確性較高。 prokka 和 ...
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宏基因組測序分析（七）DESeq2/edgeR差異分析
DESeq2/edgeR DESeq2和edgeR是RNA-Seq數據分析中常用的差異表達分析軟件，這兩款軟件基于負二項分布模型，輸入count...
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宏基因組測序分析（六）lefse差異分析差異物種分析主要基于物種豐度信息和樣品分組，進行組間差異物種的檢測。這里使用 lefse 進行差異物種分析。 LEfSe LEfSe（Linea...
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宏基因組測序分析（五）β多樣性分析β多樣性 β多樣性：指沿環境梯度不同生境群落之間物種組成的相異性，也被稱為生境間的多樣性（between-habitat diversity），...
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宏基因組測序分析（四）α多樣性分析多樣性分析 群落多樣性主要指群落中所包含的物種數目和物種個體數的分布特征。主要包含： 物種豐富度，species richness：群落中物種數...
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宏基因組測序分析（二）測序數據質控過濾
二代宏基因組測序數據的質控和過濾。 測序數據質量過濾，包括測序質量、adapter 等過濾 去除污染數據，一般是宿主數據。該步驟對于水體、土壤等...
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宏基因組測序分析（一）軟件安裝
R 包安裝 conda 安裝 conda 主要用來創建不同環境，來安裝依賴較多的軟件。從conda 官網下載最新版conda 進行安裝，網址如下...
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宏基因組測序分析（前言）微生物 微生物泛指個體無法用肉眼觀察的微小生物，一般需要借助光學顯微鏡或電子顯微鏡才能觀察到。 研究策略 單菌研究：傳統的微生物學側重于將個體物...
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宏基因組測序分析（十四） 分箱結果評估分箱結果可以使用 checkM 檢查完整性和污染度。 checkM 基于數據庫中構建好的單拷貝基因集和進化樹，將bin定位到進化樹中找到參考物種...
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