RepeatMasker是重復序列檢測的常用工具，通過與參考數據庫的相似性比對來準確識別或屏蔽基因組中的重復序列，屬于同源預測注釋的方式。下文除...
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基因組重復序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用 -
BUSCO 做基因組評價Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于評估基因組組裝和注釋的完整性的工具...
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跟著Nature Genetics學數據分析：使用GEC軟件計算有效位點數從而確定GWAS的閾值論文 Super-pangenome analyses highlight genomic diversity and structural v...
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基因家族擴張收縮分析-cafe結果可視化-cafe4cafe自帶的程序，只能單獨標注擴增或者收縮的基因家族數。手工標注又很麻煩，所以我寫了一個R程序，雖然圖不夠精致，不過基本解決問題。 cafe_...
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比較基因組分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一個網頁版的基因家族聚類工具，它基于OrthoMCL。選擇要分析的物種，也可上傳蛋白序列 分析結果 ...
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比較基因組分析-數據準備
比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數據。 基因組數據準備 數據準備1.基因結構注釋文件， gff/gtf格式2....
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跟著Nature Communications學作圖：synvisio在線工具展示MCScanX共線性分析的結果synvisio在線工具 鏈接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]...
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CAFE輸出結果整理2——提取特定Orthogroups里某個物種的基因名
比較基因組分析很多時候都是用OrthoFinder生成的Orthogroups來進行分析，然后得到一系列OG的ID，對于不同的物種，我們還需要在...
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基因組共線性分析-JCVI由于忙課題的原因，斷更了好久，雖然斷更的時間內學習到了很多東西，但細想一下還是記錄在自己博客里比較好，方便自己查閱也方便其他人學習 JCVI這個...
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比較基因組學的研究內容
定義：在基因組序列信息已知的基礎上，對已知基因和基因的結構進行比較，了解基因的功能，表達調控機制和物種進化過程（簡單來說就是拿組裝好的基因組做比...
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