發簡信
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鏡像-docker轉Singularity
前言 docker鏡像極大方便了軟件的使用，但docker對于集群用戶卻不友好，所有命令都需要root權限。近期在集群使用singularity...
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根據VCF文件設計引物
GitHub - Runsheng/primervcf: primderdiffer submodule: primervcf[https://...
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關于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性，經過一段時間的探索，對這兩款軟件已經有了...
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利用三代轉錄本升級基因組注釋（gff3）因為課題需要，我們在前期組裝了一個基因組并進行了注釋，但是存在兩個問題，一個是沒有考慮可變剪切，另一個是注釋的基因并不準確，三代轉錄組的廣泛普及...
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全長轉錄組更新
########更新版 minimap2生成的sam文件是沒有header的，那使用samtools轉bam并排序的時候會報錯，這一部分可以自己...
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conda的一些使用問題
conda用起來有些小問題，之前一直未能解決，將這些記錄一下 1 往集群投遞任務同時激活conda環境 看資料上說是改配置文件啥的，改完之后也沒...
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單拷貝直系同源基因構建物種進化樹最近用Orthofinder做物種進化樹，最后出來的物種樹的結構跟已發表研究的結果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系...
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基因組共線性分析-JCVI由于忙課題的原因，斷更了好久，雖然斷更的時間內學習到了很多東西，但細想一下還是記錄在自己博客里比較好，方便自己查閱也方便其他人學習 JCVI這個...