circm6A是可以進行circRNA識別和m6A檢測的軟件。軟件地址：https://github.com/canceromics/circm...
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circm6A安裝與使用 -
小鬼的m6A圖文復現01-文獻解讀|在人的四種不同組織中m6A甲基化的遺傳驅動因素1.文獻信息 標題：Genetic drivers of m6A methylation in human brain, lung, heart...
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小鬼的m6A圖文復現02-數據下載和質控上一篇文章我們提到作者有非常好的代碼資源，但是數據沒有權限下載。因此，我又重新找了一篇文獻，使用這個文章的數據來進行m6A圖文復現。數據相關文獻...
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小鬼的m6A圖文復現03-數據比對之去除rRNA在上一期中我們得到了cleandata，接下來是要比對到參考基因上進行比對過程的分析。一般來說，在比對之前，我們可以選擇先去除rRNA序列然后再...
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小鬼的m6A圖文復現07-Peak結果以及分布特征圖上一期提到使用exomePeak2進行m6A的Peak Calling，結果如下，每個樣本一個結果： ├── ADDInfo│ ├── AD...
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小鬼的m6A圖文復現06-樣本相關性檢驗與Peak_Callingm6A圖文復現已經更新到第五期了群里還是有非常多的小伙伴在問哪個步驟用哪個軟件，在這里，我給出一張m6A分析的常規pipeline： 圖出處：h...
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小鬼的m6A圖文復現04-rRNA比對結果與Hisat2比對在上一期中我們得到了cleandata后，先使用bowtie2與NCBI的rRNA的序列進行比對，進行了去除rRNA序列的步驟，得到了去除rRN...
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m6A-Seq數據質量評估：trumpet包文章信息 文獻標題：trumpet: transcriptome-guided quality assessment of m6A-seq da...
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APLS：表觀數據簡化可視化工具（必備）看到可視化的包，真的停不下來，就想先翻譯一邊先。 參考鏈接 APLS 全稱 AnaLysis routines for ePigenomicS ...
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使用 edgerTMM 算法對 bw 文件的均一化并且根據 bigwig 文件和候選區域 bed 文件用 R 繪制熱圖鏈接來源 一切版權來源參考鏈接：此處只是用來記錄和不能出去的情況。 Tutorial: Normalization of BigWig file...
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