今天介紹如下三點內容: PCA是如何計算的 如何計算每個PC所能解釋的方差 特征值與PC解釋方差比例的關系 1. 使用R語言自帶函數prcomp...
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PCA計算原理（超簡單，R代碼） -
GWAS基石---混合線性模型??使用混合線性模型（linear mixed model)做GWAS可以有效校正群體結構和群體內復雜的親緣關系。因此，目前絕大多數的GWAS都...
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使用GEMMA進行復雜性狀全基因組關聯分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模...
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使用qqman包繪制曼哈頓圖和QQ圖安裝并加載所需R包 基本數據格式：SNP名稱，所在染色體，SNP位置，Pvalue值 繪制曼哈頓圖 基本使用 常用參數 默認繪圖 繪制QQ圖 默認繪圖
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關于全基因組關聯分析（GWAS）
全基因組關聯分析是一種在人類或動植物全基因組中尋找變異序列的方法，全英文名為Genome-wide association study，縮寫名為...
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全基因組數據分析完整流程+外顯子測序數據分析例子但如果沒條件的話，可以嘗試利用現有的數據（比如：千人基因組項目，GIAB http://jimb.stanford.edu/giab/等）復現它...
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度...
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2018-10-31 GWAS實戰（三）plink 進階之認識常用文件格式學會了基本的plink之后，就要開始學習了解輸入文件的格式了。詳細的格式建議看官網因為之前以及接觸過幾次，這里來個詳細的歸總主要認識 ped m...
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2018-11-01GWAS實戰（四）plink 進階之數據過濾數據好不好，影響到結果的準確性，所以我們要來對數據進行過濾，過濾前，我們應該對數據的部分特征進行統計描述，以此為依據來進行過濾。 這里介紹的幾個...
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2018-11-02 GWAS實戰（五）plink 進階之數據過濾一條命令
之前講了太多的很細的數據分析和過濾，在實戰中，一般可以把命令寫在一起。 這張圖片對比了數據summary和數據過濾的命令之間的差異。 對于我們自...
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