之前講了太多的很細的數據分析和過濾，在實戰中，一般可以把命令寫在一起。

total

這張圖片對比了數據summary和數據過濾的命令之間的差異。

對于我們自然群體，沒有家系結構，所以主要是
--mind N 刪個體（基于缺失率）
--geno N 刪snp（基于缺失率）
--maf N 刪snp （基于最小等位基因頻率）
--hwe N 刪snp （基于A和a不符合哈德溫伯格平衡）
--LD（這個一般不做雙基因互作的話不考慮，詳見我上一篇）

plink --bfile core_v0.7 --mind 0.1 --maf 0.05 --geno 0.1 --hwe 0.01 --make-bed --out clean

這樣可以生成過濾好的文件，進行下一步分析

生成的新文件

clean