單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態下的功能差異，因此，功能分析在單細胞分析中相當重要. 功能分析的方法很...
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單細胞轉錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
單細胞問題匯總入門必讀：http://www.lxweimin.com/p/85e2e38df673 Q1:有的群2個或者3個不同細胞類型marker高表達，...
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提取Seurat數據做GSEA（Linux版）在Linux上跑GSEA只是工程需要，在Windows上不能批量的跑；在單細胞數據上跑GSEA那是客戶的需要。有需要就需要被滿足，我們今天介紹一...
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Cell Ranger 5.0系列之一——Cell Ranger 5.0 官方更新說明筆記
2020.11.19 Cell Ranger更新到了5.0版本。官網的更新說明包括以下三個部分： 一、關于基因表達和Feature Barcod...
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生信星球小練習—批量讀取10X數據劉小澤寫于2020.8.13主要分為兩個部分：前面用linux處理，后面用R處理 下載數據 選用的10X測試數據是：https://www.nc...
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擬時序分析簡要內容--擬時序分析的定義--結果解讀--------做出結果（cluster、state）--------確定起始點--------做sta...
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cellranger實戰2：非正常數據之僅有bam文件我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數據就是SRA格式，然后利用sra-tools分為read、barcode+UMI、index三個...
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單細胞軌跡（擬時間）分析軟件方法選擇指導原則作者：seqyuan鏈接：單細胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源：微信公眾號著作權歸作者所有，任何形式的轉載都請聯系作者。 單細胞轉錄組、蛋...
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【單細胞轉錄組】TooManyCells識別并可視化單細胞進化枝簡介： https://www.nature.com/articles/s41592-020-0748-5 https://www.biorxi...
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10X bam文件按barcode分割
最近遇到一個需求是將10X單細胞測序數據按照barcode分割，一般分割文件我們首先想到bamtools split,具體用法可以參考之前記錄過...
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