簡要內容
--擬時序分析的定義
--結果解讀
--------做出結果（cluster、state）
--------確定起始點
--------做start····end的圖（并且映射到tsne中又一個圖）
--------熱圖和感興趣的-單個基因的動力學變化趨勢圖
--做擬時序分析的適合的情況
--------細胞圖譜
--------case control的特征轉變
--------重編程或轉變軌跡
--文章實例
--------little tips（遇到三叉口的擬時序分析兩種方法）

首先做細胞注釋（在project中有了，不再贅述）

一、擬時序分析是什么

通過構建細胞間變化軌跡預測細胞隨時間的變化
模擬時間的細胞序列的分析
時序中細胞發生的變化
也不一定非要設置不同的時間段去做實驗
細胞本身存在擬時序變化，細胞是有變化的，才可以做擬時序分析

二、結果解讀

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主成分一和二，根據高可變基因進行排序，
每個點是一個細胞
左圖按cluster排序，線就是進化軌跡
交點1、2，是有節點的（說明基因有表達量的差異）
右上按state排序，每個分叉一個state，一個表達模式
cluster：得到擬時序分析結果，將cluster映射到結果中
state：根據結果把每個分叉點做命名（表達模式不同），如下

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計算機沒法判斷起始點，要通過生物學意義（基因表達和功能）去確定起始點，
法一：比如一個case，一個control（對照組），一部分枝杈上case的細胞數多（control少），一部分的枝杈上control的細胞數多（case少），那么起點就是control，細胞由control向case轉化

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法二：判斷每個state或cluster中什么功能的細胞多，比如乃鸚鵡的到激活型的，，，，某個state中乃鸚鵡的細胞數目多，而另一個state中激活型的細胞數目多，則乃鸚鵡的那個state為起始點

判斷起始點后，做下面這張圖

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這圖與上面的那個cluster映射的圖一樣的形狀，但是下面這個圖時根據外面認為的確定一個起始點，顏色越黑的是起始點，越黃，隨時間越靠后，然后將這個時間順序映射到tsne中去，黑色的細胞不斷往淺色的細胞轉換，

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時間順序得到之后，接下來可以做熱圖和動力學變化趨勢圖

熱圖

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熱圖最左邊到最右邊就是從起始點到后面的這個動力變化過程中基因的表達量（基因變化趨勢）變化（最右邊那一列是基因名），左邊那一列是將所有的基因分為了三塊（三種表達模式），綠色、澄色、藍色，比如綠色的表達模式，那些高可變基因的表達量逐漸減少（表達量多少的圖是右邊的那個標簽，紅色最多，藍色最少），澄色的部分的表達量也是隨著時間的流逝，細胞轉化過程中，逐漸減少。藍色的部分是逐漸增多。
還可以針對感興趣的某個基因做單個基因在里面的變化趨勢