IP屬地：江蘇
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8年高通量測序行業(yè)一份子/技術(shù)總監(jiān)<br>任職于：上海慕柏生物醫(yī)學(xué)科技有限公司<br>主攻方向：微生物生態(tài)學(xué)<br>郵箱聯(lián)系： jiaruisun@mobiomed.com
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【代謝組學(xué)】代謝組學(xué)原始數(shù)據(jù)的預(yù)處理主要內(nèi)容： 1. 原始數(shù)據(jù)預(yù)處理概述； 2. 主要分析軟件匯總； 3. 數(shù)據(jù)預(yù)處理的方法。 1. 原始數(shù)據(jù)預(yù)處理概述 1.1數(shù)據(jù)預(yù)處理及其目的 為什么要做數(shù)據(jù)預(yù)處理：代謝組學(xué)...
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BOWTIE2 進(jìn)行基因組比對
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 Bowtie 2是常用的基因組比對軟件。其原理在此不過多贅述，有興趣的同...
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析，參考：protocol[https://w...
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實用生信小技巧：利用pysam高效處理bam文件
由于bam文件是二進(jìn)制的壓縮文件，正常情況下我們無法用普通編輯器打開查看，一般情況下我們借助samtools軟件來對文件進(jìn)行處理。但很多小伙伴一定遇到過這樣的問題：如果我想對...
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Multi-omics Hammer軟件之fasta序列基因(轉(zhuǎn)錄本/染色體)重命名上一篇推文主要介紹了一下使用Multi-omics Hammer軟件的Genome_relate工具箱的ptree_rename功能進(jìn)行對進(jìn)化樹進(jìn)行重命名，本篇就接著上一篇推...
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2023-04-21提取fasta文件中的LOC開頭的id
目的：提取fasta文件id中的‘LOC107408734’ NM_001323852.1 polyphenol oxidase, chloroplastic-like (...
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淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手，打工人，搬運工。<br>像王子文一樣財務(wù)自由，才可實現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致，才可實現(xiàn)職業(yè)自由
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如何使用conda安裝R和R包
生物信息分析常遇到R[https://www.plob.org/tag/r]和R包使用和安裝問題，最新版的R包特別難安裝，而conda可以很好的解決這個問題。conda的安裝...
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Ubuntu 上安裝 Java
有很多不同的 Java 實現(xiàn)。OpenJDK 和 Oracle Java 是最主要的兩個 Java 實現(xiàn)，除了 Oracle Java 擁有極少的一些額外特性之外，它們兩個基...
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bioinfo100-第12題-trim與cutadapt 先用哪個？參考： 孟浩巍的知乎zhn 第12題 trim與cutadapt 先用哪個? Hello大家好！我們又見面了！ 上一次我們說到了cutadapt軟件的使用問題，其中我們著重強(qiáng)...
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基因家族鑒定與分析關(guān)于基因家族鑒定及表達(dá)分析步驟，包括數(shù)據(jù)的獲取，軟件的使用，步驟流程。需要批量的重復(fù)步驟可使用腳本來完成。 1.1 此頁面下載 hmm文件 1.2 blastp 比對鑒定...
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已畢業(yè)，抱歉不搞這個了
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linux批量下載SRA數(shù)據(jù)并完成數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換最近在收集NCBI中的相關(guān)數(shù)據(jù)，進(jìn)行meta分析，探討石油污染對土壤微生物群落在系統(tǒng)發(fā)育層面的影響。 每個文件中都有對應(yīng)的SRR_Acc_List.txt文件記錄了相對應(yīng)的序...
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山東省花生研究所
