PopSizeABC的原理：1.根據觀測數據（真實數據）估算SFS和LD2.考慮了大量隨機種群歷史變化情景。對于每個歷史變化情景，都會模擬許多序列。這些序列可以反映相應的歷史...
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PopSizeABC：一百萬年至今的種群歷史模擬 demographic history -
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R語言PCA分析及作圖
https://blog.csdn.net/LuohenYJ/article/details/97950522[https://blog.csdn.net/LuohenYJ/...
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VCFtools的使用(參數說明)
寫在前面：當學習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發現，80%左右的任務其實...
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bcftools：根據染色體提取vcf中的信息
根據染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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理解vcf文件中的“0/1與0|1”
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SNPs calling流程（GATK4）
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SNP過濾教程（通用過濾）
https://zhuanlan.zhihu.com/p/65720484[https://zhuanlan.zhihu.com/p/65720484]
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GATK4.1 call SNP 和過濾
https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p/12487349.html[https://www.cnblogs.com/zhanmaomao/p...
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用GATK進行二代測序數據 SNP Calling 流程：（四）變異過濾
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GWAS全基因組關聯分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
https://cloud.tencent.com/developer/article/1720656[https://cloud.tencent.com/developer...
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SNP過濾時常用參數的解析（群體遺傳）關于為何要進行SNP的過濾： 第一，低質量和無信息的SNP會影響后續群體結構或GWAS的分析結果，甚至影響后續對生物學問題的解釋；第二，群體研究時，由于測序的個體較多檢測出來...
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Linux 安裝 Singularity 3 容器與基本使用教學
https://blog.gtwang.org/linux/singularity-3-installation-and-usage-tutorial/[https://bl...
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深入了解snp-calling流程
https://ming-lian.github.io/2019/02/08/call-snp/[https://ming-lian.github.io/2019/02/08...
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GATK4 流程分析- 從fastq到vcf
GATK4 流程分析- 從fastq到vcf - Beccaliii的文章 - 知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/69726572[https:/...
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修改vcf文件中的染色體名
問題描述 在生物信息分析過程中，常常需要修改 vcf 染色體名稱，即刪除染色體名中的chr字符或添加chr字符到vcf文件中。 這里使用shell腳本和bcftools兩種方...
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苦逼的科研狗<br>記性不好所以一些東西就寫下來加深印象，正好分享給一些需要的朋友
