大家好，今天周日。最近發(fā)現(xiàn)有些單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果不是很好，或許在作者取樣的時候，就注定了后續(xù)的生信分析不會太成功~ 本次主要發(fā)現(xiàn)一個數(shù)據(jù)集中出現(xiàn)一大群紅細(xì)胞基因高表達(dá)亞群，對...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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你知道紅細(xì)胞基因?qū)渭?xì)胞分析的影響嗎
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孟德爾隨機(jī)化法（Mendelian randomization method）寫在前面：知識真是越看越多，聰明的人類總能想出各種辦法來尋找這世界萬物中的各種聯(lián)系。文獻(xiàn)中讀到Mendelian randomization method and a Men...
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10X單細(xì)胞空間分析回顧之SPOTlight一年了，我們都需要總結(jié)，這一篇我們回顧一下SPOTlight，非常好的方法，建議大家也總結(jié)一下，看看2021年，自己都得到了什么。 SPOTlight 的目標(biāo)是提供一種工具，...
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GO.db:存儲Gene Ontology信息的R包
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在生信分析領(lǐng)域，R語言由于其簡單易用的特點和良好的生態(tài)環(huán)境，占用重要的一席之地。其中，Bioconductor作為生信分析專用的R語言社區(qū)，提供了...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.lxweimin.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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單細(xì)胞測序揭示成纖維細(xì)胞（fibroblast ）異質(zhì)性隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的不斷積累和轉(zhuǎn)化，拿一個組織畫個圖譜的草莽時代已經(jīng)基本一去不復(fù)返了。往深了做的一個方面就是做某個細(xì)胞類型的圖譜。特別是對那些異質(zhì)性較高的細(xì)胞類型。 例如，我們熟...
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R語言可視化（三十八）：ROC曲線圖繪制38. ROC曲線圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用ROCR包繪制ROC曲線 使用pROC包繪制ROC曲線圖 使用survivalROC包繪制時間依賴的ROC曲線
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個液滴包含超過一個細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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總結(jié)一下手動安裝R包在R語言上安裝R包的時候，總是會遇到安裝報錯，其實很多時候都是因為R語言版本和R包版本不匹配導(dǎo)致的，這時候就需要自己手動安裝R包了，查了好多網(wǎng)頁文章，方法很多很雜，現(xiàn)在來總結(jié)...
