最近工作很忙，忙的喘不上氣的感覺，對人生又多了很多感慨，不管未來怎樣，還是要堅定的走下去。 從一個做DM的朋友哪里了解到sas程序員這個工作，開始也沒有太在意,直到兩年后，和...
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SAS程序員——CRO職場小白日記 I
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@LRivers 用法是 python get_ASprofile_ref_hdrs.py path/species.genome.fa species，如果是人類可以輸入 python get_ASprofile_ref_hdrs.py Homo_sapiens.GRCh38.99.dna.primary_assembly.fa Homo_Sapiens
哪里可以獲得.hdrs文件？
extract-as 簡介 該腳本需要兩個參數： 轉錄本對應的 gtf 文件 基因組長度統計文件，后綴為 .hdrs，內容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-10-25
報錯 解決辦法 如果需要導入的文件較少，可以手動轉換成 .csv 或 .txt 格式，再用相應的函數導入； 可以試試 read. table() 后記 雖然問題解決了，但是始...
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2021-09-29gffcompare 這個報錯真讓我 yue 了！ 報錯 不對，怎么報錯了？我前面也用了這個命令，能成功運行??？ 經過 那有錯也還得解決啊，還能咋辦？ 把“老三套”獨立解決報...
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RIdeogram：染色體數據可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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RSeQC判斷鏈特異性（strand-specific）對于strand-specific的RNA-seq而言，我們必須得知道它是哪一種建庫方式，才能進行后續的定量分析。 stringtie: kallisto: 現在比較常用的方...
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RNA-seq數據分析---方法學文章的實戰練習前言 這次給大家帶來的是16年發表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數據的文章：Transcript-level expression analy...
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2021-07-19報錯內容 報錯原因 內存不夠，清點內存就行了。 親測成功！ 寫在后面 這個報錯信息顯示了四句話，檢索一句兩句，會檢索出很多內容，有以下幾個方面： 單端數據用成了雙端的代碼，或...
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【Git】Learn Git Branching 總結
Learn Git Branching 總結 鏈接：https://learngitbranching.js.org 主要 基礎篇 1.Git Commit 2.Git Br...
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2021-06-25
注意 python 中，一個需要特別注意的點。 gzip.open() 默認的 mode 參數是 rb，即使設置 r，無論是否有額外的 b ，都會以 rb 的模式讀入。如果需...
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2021-06-24報錯 解決辦法 對于內存問題（如果你有一些很長的 reads，nanopore 肯定會觸發這些問題），那么你可以嘗試添加 -t 2 （甚至大于 2）來強制 fastqc 擁有...
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哪里可以獲得.hdrs文件？
extract-as 簡介 該腳本需要兩個參數： 轉錄本對應的 gtf 文件 基因組長度統計文件，后綴為 .hdrs，內容如下：>chr1 /len=249250621 /n...
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2021-05-12
今天在使用 conda activate 環境的時候，出現了如下報錯： 在 github 上有個同樣的問題，鏈接為：https://github.com/conda/cond...
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2021-04-25
今天在運行 bwa mem 命令時，出現如下錯誤提示： 報錯是因為 ref.fa 文件里存在著空格、空行，一般是出現在> 行。 這其實是一個很小的問題，但是很容易忽略，特別是...
