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# 大數據的統計學基礎
概率論與統計學 概率論是統計學的基礎，統計學沖鋒在應用第一線，概率論提供武器。 我們在學習R的時候，會做過假設檢驗。做假設檢驗的時候會有一個基本...
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突然間，我感覺我喜歡上了for，真心好用！今天健明大大的群里發布了一個小作業：數據框中的某一列存在NA，目的是想用數據框的每一列的平均數替換每一列的NA值。今天周六，下午給老板交代完任務...
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植物重測序---變異檢測（samtools+bcftools篇）
植物基因組重測序除了GATK的方法進行變異檢測以外，還有samtools+bcftools去進行變異檢測。在這里我們不去分析哪一種分析方法好，使...
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scRNAseq上游分析
最近對單細胞轉錄組很感興趣，就跑了一跑~以下就是單細胞轉錄組的上游分析過程。如有不對，請大家多多指點。 1.cellranger-3.1.0下載...
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SnpEff結果解讀SnpEff結果文件的解讀 根據上一篇簡書中SnpEff結果產生的4個文件進行解讀 第一個文件：positive.snp.eff.vcf 其實p...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結構注釋數據（GTF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋，即主要解釋了SNP...
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水稻RNA-seq數據分析（上游）
水稻（學名：Oryza sativa）是草本稻屬的一種，也是稻屬中作為糧食的最主要最悠久的一種，又稱為亞洲型栽培稻，簡單來說也可以說是稻。全世界...
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2019/9/30 武大讀博一個月
開學一個月，簡書解封了！ 博士開學一個月，生活和科研的環境已經完全適應。 開學一個月，每天游走于水稻國重和湖濱宿舍，沿途路過櫻園，每晚伴著東湖入...
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2019-07-31如何獲取轉錄本ID和基因ID的對應關系--生信技能樹第一個任務：任意物種拿到轉錄本ID 與基因ID的對應關系列表 從ensemble數據庫中下載了Human的基因組注釋文件gtf文件 1.下載Hu...