最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個(gè)關(guān)鍵差異代謝物代謝物進(jìn)行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集，另一種就是解析...
IP屬地：陜西
-
利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對(duì)應(yīng)信息
-
基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個(gè)基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進(jìn)行可視化，繪制出具有靈活性、可重復(fù)性的圖形，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
-
突然發(fā)現(xiàn)一篇適合了解CRISPR-Cas9的中文綜述文章題目：CRISPR/Cas9全基因組篩選在生命科學(xué)中的應(yīng)用 文章鏈接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
-
分級(jí)KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺(tái)上看到了這張KEGG富集信息圖，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風(fēng)格~~image.png 準(zhǔn)備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
-
基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
-
學(xué)會(huì)這三個(gè)包，搞定R中的正則天下苦正則久矣，尤其當(dāng)字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時(shí)候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個(gè)R包來解決這種正則帶來煩惱的包，希望對(duì)大家能有所幫助。 regexpla...
-
SFINX: 一個(gè)基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關(guān)系平臺(tái)
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測(cè)結(jié)合(CoIP-MS)，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)，與CO-IP類似，它使用感興趣的誘...
-
Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學(xué)中差異代謝物的識(shí)別仍然是一個(gè)巨大的挑戰(zhàn)，并在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用。由于分析、實(shí)驗(yàn)和生物的模糊性，代謝組學(xué)數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常值，但目前可用的差異代謝物識(shí)別...
個(gè)人介紹
中農(nóng)在讀博士，歡迎關(guān)注個(gè)人公號(hào)【BioparaMeta】一起學(xué)習(xí)、交流