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RNA velocity分析練習（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習（一）文件下載以及預處理2.RNA velocity分析練習（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習（三）生成loom...
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@愛生活更愛Zyd 我的數據那一列不是otu呢，根據自己的數據來
16s微生物WGCNA實例學習筆記
WGCNA其譯為加權基因共表達網絡分析。該分析方法旨在尋找協同表達的基因模塊(module)，并探索基因網絡與關注的表型之間的關聯關系，以及網絡中的核心基因。適用于復雜的數據...
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非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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「生信軟件」細菌質粒組裝
pATLAS smaegol/PlasFlow BU-ISCIII/plasmidID phac-nml/mob-suite zhenchengfang/PPR-Meta S...
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TCGA 拷貝數變異（CNV）數據整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數據-----解壓后進行處理 marker file數據下載和處...
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TCGA生存模型的構建以及模型預測和評估生存模型的構建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構建，也...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了。那么以后想做G...
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ggpubr包繪制SCI文章圖（基礎知識）最近年中總結，我們學習一些基礎知識，還有幾天總結就結束了，期待FFPE做空間轉錄組大放異彩 安裝及加載ggpubr包 安裝方式有兩種： 直接從CRAN安裝： 從GitHub上...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調取Xena網頁的TCGA數據做Cox生存分析，數據可以通過hiplot官網自主研發的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時候我們想看某一特定通路的富集情況，這時就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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TCGA數據差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
