今天有一個需求，就是要將gtf中的轉錄本轉成fasta序列，一開始是想著用bedtools getfasta實現，awk取出來坐標做成bed文件輸入bedtools，但是結果...
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gffread - gtf/gff文件轉fasta序列 -
4?? 核酸序列特征分析(3):啟動子及轉錄因子結合位點預測和轉錄終止信號預測序列比對和序列特征分析總目錄 啟動子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，調控基因表達。作用方式是通過與轉錄因子結合。關于啟動子更詳細的簡文請看查找一個基因的啟動...
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在shell or R 中判斷一個文件是否為空。
1. shell 中判斷文件是否存在或者是否為空文本 在lunix中寫腳本時，總免不了判斷文件是否存在，文件內容是否為空的等操作。而這些操作都可以用test指令來實現，可通過...
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公號：Python大數據分析，關注送10G資料
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conda 鏡像報錯
近使用conda安裝包錯誤，一直報連不上網，后來查看一下原因。是因為清華鏡像改了，塞了個文件夾（修改.condarc文件，在后面加上平臺名如lunix-64/，win-64/...
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最佳BT種子下載網站（2018年）海盜灣（The Pirate Bay，縮寫：TPB）是由瑞典的一個民間反版權組織海盜署（Piratbyr?n）成立于2003年，最初僅為瑞典語站點。后來發展成為獨立的組織，2...
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大數據系統發育學的原理、機遇和陷阱（一）最近幾天讀文獻，讀到了一篇2019年Andrew D. Young 和Jessica P. Gillung發表在Phylogenomics關于系統發育學的綜述Phylogen...
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paml計算dn/ds的小實例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的計算，自己嘗試了分支模型和位點模型的計算，簡直不要太容易！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
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用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算前言 最近在看一些關于生態、遺傳、基因組進化等的文獻，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數值，（Ka/Ks）。發現在國內的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
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mpileup命令參數和結果詳解
mpileup是samtools的一個命令，用來生存bcf文件，然后再用bcftools進行SNP和Indel的分析。另外，bcftools是samtools的附帶軟件。 1...
