這個數據是不夠的
GSEA富集分析的點狀圖畫法（R）GSEA運行完以后默認出圖較丑，而且只是png格式，不能改字體和大小，分辨率還是可憐的96dpi，就像下面這個圖，遠看可以，近看不行，遠達不到SCI要求。 但其實知道原理的話...
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使用R語言局部放大圖片更多教程請瀏覽我的博客地址R語言畫圖之圖片局部放大[https://swcyo.rbind.io/course/2024-01-21-r-zoom/r-zoom/] 在處理圖...
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【R畫圖學習6.2】Venn圖---VennDetail上一篇我們講了傳統venn圖的畫法，今天測試另外一個包VennDetail，有點還是它綜合了upset，從而能處理大于5維的數據。 首先沒有安裝的話，安裝這個包。 libra...
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是的，我這是演示數據，genelist要用自己的
另外GSEA是隨機運行次數，每次跑的時候都會有部分不同的，另外就是GSEA()運行的是gson本地數據，gseaKEGG()是實時數據，是有細微不同的一句代碼同時運行多組富集分析
傳統的富集分析的步驟是： 計算出差異表達基因列表 運行GO 運行KEGG當然，也可以運行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可視化...
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R可視化重復測量的方差分析，自動兩兩比較參考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
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cel格式的芯片原始數據處理
收到一個學生求助，得到空的表達矩陣，限于目前初學的狀態，處理原始數據比較困難，但又急用，這不，我來幫忙咯。 1.初步探索 表達矩陣確實是空的，不過附件里提供了cel格式的原始...
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是不是很牛
pak包：一條指令解決包的安裝問題，支持CRAN，Bioconductor和Github，還支持自動更新
R語言有很多強大的包，而且各種包之間還相互依賴，尤其是CRAN和Bioconductor還經常相互依賴，但是安裝指令卻不一樣，再比如Github上的包，有時候更新的話還要重新...
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使用R下載HPA數據庫的免疫組化數據
HPA數據庫有豐富的切片數據和免疫組化的切片，可以從網站一個個下載保存，然后把對應的信息保存，再重命名，再次比對信息。 但是，這樣的操作，可謂耗時耗力，還有可能在對比的時候出...
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一句代碼同時運行多組富集分析傳統的富集分析的步驟是： 計算出差異表達基因列表 運行GO 運行KEGG當然，也可以運行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可視化...
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pak包：一條指令解決包的安裝問題，支持CRAN，Bioconductor和Github，還支持自動更新R語言有很多強大的包，而且各種包之間還相互依賴，尤其是CRAN和Bioconductor還經常相互依賴，但是安裝指令卻不一樣，再比如Github上的包，有時候更新的話還要重新...
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Rstudio下載不了怎么辦？隨著Rstudio改名為posit后，現在下載安裝包也成問題了，以前的下載網頁已經不能用了，而這個posit.co域名我又打不開，好尷尬。。。。。 只發現了一個2018年的鏡...
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R進行兩因素重復測量方差分析并可視化（雙組折線圖）在仙桃學術上的生信工具里面，有一個折線圖的繪圖工具，可以很快速便捷的得出結論并可視化結果，當然不是說這個功能有多強大，而是統計學方法非常專業。比如用它自帶的數據https:/...
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risktable解決不了
R語言用patchwork對ggsurvplot進行排序
patchwork包是一個非常方便能夠對多個ggplot對象進行排序、合并輸出的包。但是在批量做生存曲線的時候，發現這個包不能對ggsurvplot對象進行排序，并且會出現如...
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使用R語言rstatix包進行ANOVA并自動兩兩比較可視化關于單因素方差分析，網上有很多方法，比如使用R語言進行單因素方差分析以及結果可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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利用TCGAbiolinks下載病理學報告（PDF）和切片圖像（SVS）我們平時使用TCGA的使用，基本都是下載臨床特征數據，生存數據，基因表達量，高級一點的還可以去下載體細胞突變，拷貝變異數和DNA甲基化等。如果知道一些算法，還可以去獲取MSI...
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使用multipleROC快速繪制ROC曲線之前我寫過一篇使用pROC包畫好看的ROC曲線[https://swcyo.rbind.io/course/proc/]的教程，那篇教程中使用的是pROC，這個包可以快速擬合...
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這個需要自己下載，去GSEA官網
R做GSEA富集分析
首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優點是在線爬取數據，結果很可信，但是缺點也是網絡問題，網絡差點就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
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GSEA軟件的二次作圖我們知道，用GSEA的java軟件分析的結果之后，默認的圖是png，而且只有72 dpi，比如下面這樣的 其實顏值也還好，但是很模糊，這是很不方便用于發文章的，那么有沒有一些...
