1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測序數據都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對這些壓縮格式進行解壓操作 解壓好的文件即正...
IP屬地：陜西
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2、RNAseq(2)--測序原始數據處理（Clean data） -
基因 ID 和 Symbol 轉換前言 看了這么多期的 circos，都有點乏了，換換口味也是好的。 下面，咱就開始吧。 做生信分析，總是免不了要給基因 ID 和 Symbol 轉換來轉換去。 方法 一般要進...
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整理ICGC 表達數據參考：ICGC數據庫數據提取表達矩陣/如何提取癌癥數據--生信自學網使用spread 出現的坑--劉小澤簡書 目的：當我們使用TCGA 表達數據，數據以gene-sample...
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Hic-pro的結果文件轉化為.hic文件，在juicebox中實現可視化hic數據經過Hic-pro處理后，會生成allvalidpairs文件，這是所有有效配對的文件。一般想要可視化的話，比較復雜。這時我們就可以把它轉化為.hic文件，放到ju...
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Hic-pro 的安裝
目前處理Hi-c數據的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相對來說更好用一些，因為更加流程化一些。(具體使用方法見《HIC數據介紹及相關分析》）但鑒于Hic-...
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使用wget下載GEO數據我們有時需要下載GEO數據，使用getGEO的話比較麻煩，特別是當我們只需要其中某一兩個文件時。但是當我們直接復制文件鏈接，使用wget下載時，卻只能下載當前的網頁。 經過我...
