發簡信
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WES學習4：annovarToMaf以及maftools使用一般找公司做的標準分析，會根據客戶指定的要求，把基本的質控、比對、call SNP以及annovar注釋等步驟做完，這些也比較流程化，難點是客戶...
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WES學習2--數據質控選擇1： 拿到測序下機數據，開始分析。首先創建目錄 我是使用filezilla將公司給的原始數據上傳到raw目錄中。一共5個樣品，其原始數據存在...
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WES學習1--conda鏡像設置
確認已經安裝好了miniconda3,然后按照上述代碼設置好使用清華的鏡像（以后安裝軟件比較快速方便）。然后就可以按照流程創建環境和安裝軟件了 ...
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hg38參考基因組的選擇和BWA index使用我有一些WGS和WES數據需要分析，看了很多博客和文章，對基本流程已經有了大概認識，但是實戰的時候，卻卡在的人的參考基因組的選擇上。查閱了很多帖...
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GATK-4.2.1.0的下載安裝和conda的使用
1.下載最新安裝包 2021.08.06對應的最新版本的是4.2.1.0，下載網址：https://github.com/broadinstit...
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GEO數據挖掘-數據下載斷斷續續學習生物信息也有一段時間了，因為做實驗的緣故沒辦法系統學習，只能看大家的帖子一點點補充。俗話說的好，好記性不如爛筆頭，為方便記憶，我就將...
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md5sum用法
MD5算法常被用來校驗網絡文件傳輸的完整性，防止文件被篡改或傳輸不完全。MD5全稱是報文摘要算法（Message-Digest Algorith...
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BWA下載安裝1.下載BWA 2. 解壓縮 -j：有bz2屬性的-x：解壓;-v：顯示所有過程 3. 編譯BWA 4. 添加到環境變量 在bashrc文件末尾...