一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預計表達水平 3、SAM tools 課上已經用sudo a...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 -
StringTie + DESeq2 進行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進行組裝取得 read counts 數值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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UCSC官網下載TSS.bed文件1.進入UCSC官網（ 2.進入table browser工具后進行選擇： track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene，這里選了NCBI group一般...
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HiC矩陣可視化之-HiCPlotter1. 軟件安裝 軟件是python寫的，不需要安裝但是需要安裝需要的庫。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 輸入文件要求 =====matrix格式的...
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HI-C 數據分析pipeline（三：AB compartment 區室計算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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最詳細的HiC-Pro使用記錄及結果解讀Hi-C技術通過交聯等實驗步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠的DNA片段之間的互作信息。根據染色體內部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
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samtools的功能大全：查看bam文件外還能做什么
必須學習這篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【繼續更新ing】 samtools view -h 查看bam文件，包含頭文...
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Hi-C文庫數據質控及解讀
來源： 三維基因組Magic [三維基因組Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文庫數據質控及解讀 數據自身的質量在很大程度上...
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生信 | 三維基因組技術（三）：Hi-C 數據比對及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡介 1.1 ...
