相信很多專題應該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒，針對我自己對SCENIC的學習使用，遇到的問題做一個詳細的講解說明，希望能對大家理解學習應用SCENIC起到一些幫助。 SC...
發(fā)簡信
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單細胞轉錄調控網(wǎng)絡分析工具（TF，motifs）-SCENIC -
2019-08-28第七天：關于SCENIC的使用教程
文章來源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering github 一、軟件安裝 安裝教程...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化。ScaleData()[http...
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文獻學習027--[sc]組織環(huán)境對中性粒細胞命運的共同決定作用最近對中性粒細胞感興趣，就多讀了幾篇文章。分享的這一篇是20年的cell。 HighlightsNeutrophils have variable lifetimes in ...
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文獻學習018--[sc]單細胞測序鑒定出特殊炎性巨噬細胞亞群可作為減輕急性腎臟損傷的治療靶點今年剛發(fā)在Advanced Science上的文章，影響因子16.806。 1. Mononuclear Phagocyte Atlas at Single-Cell Res...
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我也發(fā)現(xiàn)了這個問題，給你點贊
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學習Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學習Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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2021-06-23 3-5分 不需要實驗的生信期刊（中科院預警的已經(jīng)排除）
大多數(shù)人應該不是中科院預警就行，部分期刊可能是吉大一院預警。 bmc cancer, Cancer Medicine, Frontiers in Genetics, INTE...
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那你說個屁
不做生信、不做meta，零科研經(jīng)費就能輕松發(fā)6.6分SCI
臨床醫(yī)生發(fā)SCI的方法有很多種，有科研經(jīng)費的可以做實驗，沒有科研經(jīng)費的可以做純生信數(shù)據(jù)挖掘、meta分析、病例報告等等。現(xiàn)在還有一種不用任何科研經(jīng)費就可以發(fā)SCI的方法，那就...
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基因ID轉換方法總結1. clusterProfiler包，bitr()轉換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個功能強大的R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO...
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meta分析/系統(tǒng)評價中單臂研究的偏倚風險評價單臂研究（single arm study）：即單組臨床試驗，顧名思義，就是僅有一個組的研究，沒有為試驗組設計相對應的對照。部分文章取名為病例系列研究（case series...
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CRISPR、CRISPR screen以及與單細胞測序的結合CRISPR 首先來介紹一些CRISPR，它首先在大腸桿菌中發(fā)現(xiàn)，全稱為：Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic ...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式??最近一直在學習單細胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學習了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
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為什么我的rds@meta.data$stim是NULL呢
單細胞亞群鑒定知多少（二）
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 上一期我們詳細介紹了幾種細胞marker基因的獲取方法，為細胞亞群鑒定打好了堅實的基礎。在這里我們接著看如何進行單細胞亞群...
