scDIOR 是一個用于在 R 與 Python 之間進行單細胞數據轉換的工具。這個工具主要由兩個部分組成：一個是 R 的包 dior，另一個是 Python 的庫 diop...
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使用scDIOR實現R與Python之間的單細胞數據轉換 -
在R中快速生成每一行都一樣的矩陣需求：有一個向量row_value，需要生成一個每行都為向量row_value的n_rows行矩陣。 方法一：使用rep和matrix函數 先使用rep()函數將向量row_...
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全網首發，用于單細胞ATAC分析的Socrates包Socrates是一款用于分析snATAC數據的R語言包，但是該包發表后并沒有引起多大水花，最直觀的就是，Github上該包的Issues只有10條，其中兩條還是本人最近貢獻...
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沒有人比我更懂R包安裝R語言包安裝的幾種方式 從CRAN（Comprehensive R Archive Network）中安裝，例如安裝ggplot2包install.package("ggpl...
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FastCopy——Windowns下加速備份組學大數據寫在開頭：雖然沒用ChatGPT的文案，但不得不說，他真的很會寫！！！ 前情提要： 本人最近在整理備份一些組學數據，數據量大，利用Windowns系統自帶的復制粘貼命令在不同...
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HiCUP安裝時遇到的陳年老BUGPS：本人今年4月份就安裝了HiCUP，但由于運行時一直有問題，直到9月份才解決了這個bug。 HiCUP的安裝非常簡單，只需要從官網下載安裝包，解壓后賦予執行權限即可 官網...
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用Python爬取某期nature雜志所有文章標題
得到的結果如下： EditorialChatGPT is a black box: how AI research can break it openThe United K...
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HZAU植科院農學本科畢業生<br>HZAU信息學院生信專業碩士畢業生<br>目前就職于國內某知名藥企數據分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲、網站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看，有需要歡迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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無痛從seurat遷移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，這里使用的seurat對象要求已經run過runUMAMP()findCluster等函數，否則也沒有必要把seurat的結果弄到monocle3的cds對象里 1. ...
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用networkD3畫桑基圖
參考鏈接：https://r-graph-gallery.com/321-introduction-to-interactive-sankey-diagram-2.html[...
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您好，請問如果對于非模式生物，如果添加motif注釋呢
使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數據(第十二章)
本文首發于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數據(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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您好，請問您在使用ArchR中的addMotifAnnotations()函數時有沒有用過自定義的motif文件呢？
ArchR官網教程學習筆記12:Motif和Feature富集
系列回顧：ArchR官網教程學習筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.lxweimin.com/p/a2bcdfb77961]A...
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現2020年發表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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在Linux系統中實現R語言畫圖實時預覽在Linux中使用R語言時通常無法實時預覽畫圖結果，需要導出PDF傳到Windows下才能看，但畫圖過程中可能會頻繁調整參數來修改配色等其他設置，因此如果能夠實時預覽R語言可...
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小麥BSgenome構建
安裝R包BSgenome 輸入文件1：2bit格式的基因組序列文件 輸入文件2：seed文件 BSgenome包內置了某些基因組的seed文件，存在~/anaconda3/e...
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seurat對象處理Seurat是單細胞分析經常使用的分析包。seurat對象的處理是分析的一個難點，這里我根據我自己的理解整理了下常用的seurat對象處理的一些操作，有不足或者錯誤的地方希望...
