寫在前面 一年前，我看到課題組其他成員在整一個(gè)“進(jìn)化保守區(qū)塊”挖掘的工作。說(shuō)實(shí)話，覺得....挺麻煩。于是我寫了一個(gè)工具，具體見推文《進(jìn)化保守的基因區(qū)塊-可視化挖掘》。 這個(gè)...
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強(qiáng)勢(shì)更新 | 進(jìn)化尺度上的基因保守區(qū)塊挖掘 -
如何高效回復(fù)審稿人意見1 站在審稿人的角度考慮問(wèn)題 1.1審稿人很忙審稿人多是已畢業(yè)博士，在高校或研究生工作，通常比較忙。 1.2審稿工作一般都是免費(fèi)的。為什么審稿人愿意免費(fèi)審稿？（1）通過(guò)審稿可...
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全基因組復(fù)制 WGD |（一）簡(jiǎn)介
01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復(fù)制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因組內(nèi)的所有序列都發(fā)生重復(fù)，...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
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高速！大規(guī)模 (10w+) 基因?qū)?Ka/Ks 計(jì)算工具 - TBtools寫在前面 目前還是在繼續(xù)整一些擦邊“比較基因組”的工具。前段時(shí)間停下來(lái)，原因只有一個(gè)：我發(fā)現(xiàn) TBtools 的Simple Ka/Ks Calculator 速度確實(shí)不夠快...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
