CLUES（Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios）是一個用于推斷單個位點在群體中選擇軌跡（selection...
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CLUES 推斷位點的受選擇時間
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Relate 估計位點的起源時間1、轉換文件格式 從 VCF 文件轉換為 relate 軟件可以讀取的 hap 格式： PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
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Sweepfinder2 檢測正選擇信號
SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來檢測正選擇。CLR 是一種統計量，通過比較基因組中特定區域的觀察...
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XP-CLR 檢測不同種群間選擇信號XP-CLR 的基本思想是利用不同種群的等位基因頻率差異和連鎖不平衡模式來識別選擇信號。假設一個基因在種群 A 中經歷了選擇，而種群 B 沒有，選擇位點周圍的 LD 模式和等...
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SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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read 讀取文件并將變量應用在 awk 中
read 讀取文件并將一行中的不同字段存儲至不同變量中； 比如說： cat testzhang 10 155wang 8 148 可以用 read name age ...
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轉座子元件注釋 RepeatMasker 安裝
RepeatMasker是一個用于識別和屏蔽（mask）基因組中重復序列的軟件工具。重復序列在基因組中占據了很大的比例，并且對基因組的結構和功能具有重要的影響。RepeatM...
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結構變異檢測軟件 SYRI 的使用目前檢測結構變異的方法眾多，長 reads 序列的比對有 NGMLR、Minimap2、Nucmer 等；基于序列比對結構檢測結構變異的軟件有 SVIM、Sniffles、S...
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vcftools 計算 pi、fst、tajima's D
計算每個位點的多態性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...