空間轉錄組結合多模態(tài)數據進行空間數據分析正在成為熱點，包括昨天剛介紹的METI和今天的文章。 近日，《Nature Communications》又發(fā)表了一篇關于空間轉錄組分...
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生信算法||新算法，soScope結合多模態(tài)數據進行空間分辨率增強 -
生信算法||新算法，METI結合HE圖像深入研究TME近日，《Nature Communications》發(fā)表了一篇關于空間轉錄組腫瘤微環(huán)境研究的創(chuàng)新性的算法（形態(tài)增強型空間轉錄組分析集成器（METI）），非常值得學習。 目錄 ...
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R語言||干貨！tidyverse包-數據轉換dplyr包進階R-tidyverse包-數據轉換dplyr包進階 R語言||干貨！tidyverse包-數據轉換dplyr包進階 目錄 [TOC] 簡介 Dplyr（https://dpl...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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文獻速遞||cell2location軟件聯合單細胞轉錄組進行空間轉錄組細胞映射同名gzh：BBio //前言 對空間轉錄組的組織駐留細胞類型的復雜映射仍然是一個挑戰(zhàn)。原因之一是器官間細胞的巨大多樣性，包括無數細粒細胞類型，如免疫細胞、免疫細胞、基質細胞...
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10X單細胞空間聯合分析之十一（CellTrek）hello，大家好，又是周一，新一周的開始，第一天分享一個簡單的內容，就是一個新的單細胞空間分析的軟件，CellTrek，這個軟件最新的地方在于添加了細胞之間的共定位分析，文...
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R語言||rstatix包和ggpubr包復現標注統(tǒng)計檢驗顯著性的各種花樣的圖形同名公主號：BBio rstatix包支持管道符，與tidyverse包設計理念相一致，用于執(zhí)行基本的統(tǒng)計檢驗，包括t檢驗、Wilcoxon檢驗、ANOVA、Kruskal-...
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R語言||reshape2包在長寬數據格式轉換中的用法
同名公主號：BBio reshape2包最常用的場景就是長數據和寬數據的轉換，兩個函數即可搞定。作者也是tidyverse的作者，Rstudio項目的首席科學家Hadley ...
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R語言||最豐富的數據清洗工具tidyverse包同名公主號：BBio tidyverse包實際上就是一些常用R包的集合，包括ggplot2（可視化）、dplyr（數據操作）、tidyr（數據）對齊、tibble（更現代的數...
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@NightWalker0815 +1相除不就是log后相減嗎
單細胞轉錄組/AverageExpression平均表達是個啥
AverageExpression gzh：BBio Seurat中用于計算cluster基因平均表達值的函數，為啥這個結果和FindMarkers中差異倍數avg_logF...
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@Alisa_1855 是的
單細胞轉錄組/FindMarkers
FindMarkers gzh：BBio 對分群結果進行差異基因鑒定的函數，理想情況下，對于每群細胞來說，marker基因都位于上調基因的前列。 avg_logFC 結果中a...
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文獻速遞||空間轉錄組-時空組學聯盟4篇Stereo-seq模式物種文章歡迎關注同名公主號：BBio 2020年《Nature Methods》雜志將空間轉錄組學評選為Method of the year，時至今日，空間轉錄組的應用已然如浪潮一般...
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PhenoGraph聚類算法
背景&思想 PhenoGraph算法的輸入是一個N X D的矩陣， 把這個矩陣中的行劃分到類別中，使得類別間的差異大于類別內的差異。 我們的假設是，這些類別代表具有生物學意義...
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分析流程||Seurat空間轉錄組分析流程歡迎關注同名公主號：BBio 流程包括單切片的基本分析、scRNA整合、多切片整合。 參考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
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文獻速遞||腫瘤篇-通過多區(qū)域單細胞測序描繪肺腺癌的空間和細胞結構歡迎關注同名公主號：BBio //文獻 2021年發(fā)表于Cancer Discovery，影響因子39.397，典型的幾乎純分析的單細胞轉錄組文章。 Resolving th...
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文獻速遞||R包DropletUtils-基于droplet的單細胞轉錄組數據cell calling方法歡迎關注同名公主號：BBio 10X也是基于此文獻的，考古一下，學習區(qū)分空載和真實細胞大體思路。 當時已經存在的一些方法會假設含有細胞的GEMs會有更高的UMI總數，并以UM...
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分析思考||單細胞轉錄組中實驗步驟對分析有哪些影響歡迎關注同名公主號：BBio 一個好的數據就該和10X官網中3k pbmc的數據一樣，分析起來如此絲滑。技術缺陷和實驗步驟究竟制造了哪些問題，而生信又該如何解決呢？在此從細胞...
