本文將介紹DNA、RNA的保存策略，順帶提及細胞的保存方法。 一、DNA的保存 DNA為雙螺旋結構，具有較高穩定性，但在野外樣品采集的過程中仍需注意，以防降解。下面介紹以測序...
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分子（DNA、RNA）樣品的保存
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純潔而又邪惡的蕓香科家族
本文章首次發表于2018年7月29號 天氣預報的溫度一爬上30度，我就不是我了，我大概是個李哈哈小姐干。昨天去爬山，想尋找點新的有趣的植物，然而高溫讓我停止思考。 滿腦子就想...
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2022-03-02 關于為什么Fst值在不同軟件中計算的結果有異
來自researchgate[https://www.researchgate.net/post/Why_do_Fst_values_from_Arlequin_differ...
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測序數據基本信息統計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數據時，一般會提供質控后的clean data和后續的基礎分析結果。因為可能需要自己來進行數據的預處理，記得一定要拿回raw data，同時弄清...
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2021-12-14 群體遺傳學部分概念記錄
來源： 群體遺傳進化名詞解釋[https://www.omicsclass.com/article/1337]部分概念未經確認，注意甄別 1. 等位基因頻率 等位基因頻率是群...
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八. SNP檢測和進化分析（Snippy）
一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心SNP，進行比對構建進化樹。 ...
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shell中各種括號的作用②：${}、##和%%使用
這篇文章主要介紹了Shell中的${}、##和%%使用范例，覺得不錯，保留下來。 假設我們定義了一個變量為： 可以用${ }分別替換得到不同的值： 代碼如下: 記憶的方法為：...
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2021-11-01 htop詳解參考：htop - 強大的進程管理工具[https://blog.51cto.com/13683137989/1893953]top與htop字段解釋[https://www...
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2021-10-29 創建conda新環境
參考http://www.lxweimin.com/p/78b56fa23255[http://www.lxweimin.com/p/78b56fa23255] 需要嘗試St...
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使用stack分析RAD-seq一次簡化基因組數據分析實戰 盡管目前已經有大量物種基因組釋放出來，但還是存在許多物種是沒有參考基因組。使用基于酶切的二代測序技術，如RAD-seq，GBS，構建遺傳圖譜是研究...
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植物基因組學-fastp進行高通量測序數據的質控對于各位小伙伴來說，無論是自己獨立進行高通量測序數據分析，還是解讀公司的測序結果，一個必須要面對的情況就是高通量測序數據的質量控制，又稱Quality Control。照顧到...
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在linux中構建基因進化樹
首先利用muscle進行多序列比對：“muscle -in 序列文件.fasta -out 輸出的比對結果文件.fasta”。 再利用raxml進行進化樹構建：“/pub/a...
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Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inferenceGithub/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic學習教程記錄【一】多序列比對；核算替換模型的選擇；最大似然法建樹的學習 [TOC]...
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2021-01-11 Linux文件目錄的通配符用法
來自 【一些小常識】Linux文件目錄的通配符用法/*[https://www.cnblogs.com/muzipaopao/p/11310958.html] 1.單獨的“*...
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2020-12-16 seqkit分割phylosuite下載的sequence文件
使用phylosuite下載的多個序列保存在一個文件中，名為sequence.fas可以使用seqkit將其分割為只包含一條序列的單個文件 此處使用的是split命令 在本次...
