ClusterGVis包是中國藥科大學Jun Zhang博士開發的系列可視化工具包之一，前期該包主要設計用于Bluk-seq表達矩陣的處理，可同時繪制聚類+分組表達趨勢折線圖...
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R語言可視化13: (sc)RNAseq 數據可視化 - ClusterGVis -
R語言可視化12: (sc)RNAseq 數據可視化 - scRNAtoolVisscRNAtoolVis適用于各種單細胞RNA-seq數據分析場景，包括但不限于：單細胞Marker基因表達熱圖：通過熱圖展示不同細胞亞群中Marker基因的表達水平。單細胞...
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額，沒有保留，跑一下差異分析，很快的也？
R語言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）
定義：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一種基于基因集的富集分析方法， 用來評估一個預先定義的基因集的基因在與表型相關度排序的基因表中的分...
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@微信用戶_688a 不會，我就是，很慢
單細胞數據分析筆記6: 轉錄因子分析（SCENIC）
轉錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識別、結合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質。其通過介導RNA聚合酶與DNA模板的結合，從而調控下游...
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孟德爾隨機化分析2: SMRSMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一個針對匯總數據的孟德爾隨機化方法，可以基于GWAS匯總數據進行因果推斷 1....
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生信工具2: LiftOver人類參考基因組（如 GRCh37 和 GRCh38）由國際基因組學研究社區定期更新，以改進基因組的完整性和準確性。每次更新可能會導致以下變化：? 基因組序列的調整：添加或修訂...
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不好意思，當時是為了學一下這個包，沒注意，后來也發現了。負值，感覺是由于擬合問題或者表達數據的噪聲引起的，建議還是將其轉換為 NA，或直接過濾掉不，不合理
生信數據庫4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學數據庫）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數據庫由英國桑格研究院開發，收集腫瘤細胞對藥物的敏感度和反應。是目前腫瘤細胞藥物敏感性...
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孟德爾隨機化分析1: 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）1. 什么是連鎖不平衡（LD）？ 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指在基因組中，兩個或多個SNP（單核苷酸多態性）位點在一個群體中的等位基因...
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@華小康 沒有要求，已經通過github了，不行可以直接手動安裝：https://github.com/im3sanger/dndscv/archive/refs/tags/0.1.0.tar.gz
全外顯子組測序（WES）分析4-1: 識別驅動基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌癥和體細胞進化中的選擇。該包包含量化錯義、無義和必需剪接突變的 dN/dS 比率的函數，可在單個基因、基因...
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R語言小記3：ENSG和基因symbol間的名稱轉換0. 數據準備（加載自己需要轉換的數據） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 發現存在一個ENSG（Ensembl基因ID）可...
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@9ed026cdd010 自己的數據，沒有的話，可以GEO下載自己感興趣的數據集
單細胞數據分析筆記2-2: 細胞通訊分析（CellChat）
3. CellChat CellChat，用于根據單細胞數據對細胞間通信進行推理、分析和可視化。包含文獻支持的多個物種中的配體-受體相互作用，從而全面概括已知的分子相互作用機...
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單細胞數據分析筆記6: 轉錄因子分析（SCENIC）轉錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識別、結合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質。其通過介導RNA聚合酶與DNA模板的結合，從而調控下游...
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單細胞小記2：將h5ad格式轉化為seurat格式h5ad 是用于存儲單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）數據的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 軟件包。它基于 HDF5 文件格式，支持大規模數據的高...
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@Jo_46fe 他提醒你了，你的數據格式是字符串，不是數字型，改一下就行
R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）
ssGSEA是一種常用于免疫細胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個樣本的基因表達數據與特定的基因集（免疫細胞基因集）進行比較，來估計該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
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全外顯子組測序（WES）分析4-1: 識別驅動基因（dNdScv ）
1. dNdScv R包是一組最大似然 dN/dS 方法，旨在量化癌癥和體細胞進化中的選擇。該包包含量化錯義、無義和必需剪接突變的 dN/dS 比率的函數，可在單個基因、基因...
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單細胞數據分析筆記5: 擬時序分析（monocle2)擬時序（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況通過擬時分析可以來推斷發育過程細胞的分化軌跡...
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@只是經過 哪里？也可以后續Ai直接刪除
R語言可視化10: 韋恩圖/upset圖 - VennDiagram/ggVennDiagram/upsetR/ComplexUpset/VennDetail
1. 使用包繪制韋恩圖 1.1 兩個數據集 1.2 多個數據集（此處以5個為示例） 1.3 交集元素的提取 ★ 5個數據集是VennDiagram包的上限 2. 使用包繪制韋...
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全外顯子組測序（WES）分析3: 變異功能注釋（SnpEff / VEP ）1. 使用注釋 VCF 文件 1.1 下載和安裝 SnpEff 1.2 下載參考基因組數據庫 手動下載（選擇符合自己需要的物種及版本）：https://sourceforge...
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@摩卡mocha 哦哦，謝謝，我原來也發現了（有的地方改了，有的地方可能還是漏了），我寫的i，但簡書有時候會自動幫我改成“I”
生信數據庫4: GDSC（癌癥藥物敏感性基因組學數據庫）
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)數據庫由英國桑格研究院開發，收集腫瘤細胞對藥物的敏感度和反應。是目前腫瘤細胞藥物敏感性...