二代測序的去重是非常重要的一步，常規的方法都是在比對到基因組之后利用基因組位置的信息來去重，這樣效率比較高，但有些時候我們要在拿到測序的fastq文件的時候就去重。 這樣的算...
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使用fastuniq去除fastq中的PCR重復 -
Ubuntu添加阿里云鏡像使用阿里或者其他國內鏡像源包含了一些自帶源沒有的軟件包，在速度上也相對快一些 使用vim或者gedit命令編輯/etc/apt/sources.list文件 在文檔開始位置輸...
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samtools部分功能推薦
-cInstead of printing the alignments, only count them and print the total number. All f...
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在linux（ubuntu）中使用網頁版的rstudioRStudio是R語言集成開發環境的應用軟件，RStudio Server是一個基于web訪問的RStudio云端開發環境，需要安裝在服務器上，支持多用戶遠程訪問使用。可以在...
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MACS2為ATAC-seq callpeak
ATAC-seq作為檢測基因組開放位置的重要手段，被越來越多的使用。而其call peak的方法也有很多，這里我們介紹的是MACS。MACS最初被發表是用于ChIP-seq ...
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用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息，例如測序覆蓋度等以ChIPseq為例我們想要看某一個轉錄因子在所有TSS附近的信號的平均，看在一個TSS附近直接用igv打開就行，但當我們看所有TSS或者給定一個bed文件的時候，就需要借用...
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有用的UCSC tools推薦
先上網站鏈接，這些都不需要安裝，直接下載下來就可以用，比較便捷http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 1...
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linux為不能上網的服務器設置代理，pip，wget，conda...
實驗室服務器由于網絡問題需要設置代理 export之后經常沒用，不知道為什么，所以可以為每個命令設置代理 wget pip --user可以只為自己的賬號install co...
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macs2在python3下由于numpy不兼容導致無法使用
MACS2不知道為什么在python3里面安裝了之后不能用，好像是numpy版本的問題，經檢驗python2.7依然可用。
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