發(fā)簡信
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小鼠轉錄組測序上游數(shù)據分析一、流程概括 RNA-seq原始數(shù)據的質量評估 低質量測序數(shù)據的過濾和清除 過濾后數(shù)據的質量評估 reads比對基因組和轉錄組 計數(shù)和定量 二、...
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腫瘤新生抗原預測軟件和參數(shù)選擇癌癥疫苗靶向腫瘤細胞的抗原可以大致分為兩類：腫瘤相關性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及腫瘤特異性抗原（t...
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免疫組庫分析軟件MiXCR的安裝和使用安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經安裝的MiXCR...
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腫瘤TMB的計算原理和數(shù)學模型
美國FDA目前批準了3個檢測腫瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT...
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第10章 具有共同參照的雙色實驗
10.1 背景介紹 現(xiàn)在考慮一個雙色微陣列實驗，其中所有的陣列都使用了通用參照。如果在整個實驗中將相同的通道作為通用參照，則可以對表達值的log...
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第9章 單通道實驗設計
9.1 背景介紹 與早期的微陣列不同，大多數(shù)數(shù)據現(xiàn)在都是單通道類型。單通道數(shù)據來自流行的微陣列技術，如Affymetrix，Illumina或A...
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第8章 線性模型概述
8.1 背景介紹 limma軟件包使用稱為線性模型的方法來分析設計的微陣列實驗。這種方法允許分析非常一般的實驗，就像分析簡單的重復實驗一樣容易。...
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第7章 過濾
我們通常建議將微陣列平臺上的所有探針進行標準化處理。 對于下游分析，通常需要刪除那些看起來在任何實驗條件下都不表達的探針。這被稱為過濾。我們一般...
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第6章 雙色數(shù)據預處理6.1 背景校正 默認的背景校正是從每個點的前景強度減去背景強度。如果RGList對象沒有經過背景校正，那么normalizeWithinArr...