一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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seurat-ScaleData()源碼解析 -
Excel如何同時(shí)凍結(jié)首行和尾行？在Excel使用表格時(shí)，經(jīng)常遇見(jiàn)一些很長(zhǎng)的表格，在瀏覽表格中間段時(shí)，會(huì)需要一直來(lái)回滑動(dòng)鼠標(biāo)到首行或尾行去查看一些信息，這樣非常不方便，那么Excel如何同時(shí)凍結(jié)首行和尾行呢？...
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太好用了！批量生存分析，一步到位，還支持最佳截點(diǎn)~花花寫(xiě)于2020-7-15。今天一口氣寫(xiě)了幾個(gè)新的處理tcga數(shù)據(jù)的函數(shù)。加在tinyarray里了，1.3.1版本以上可用~當(dāng)前版本有一個(gè)小缺點(diǎn)，因?yàn)橛幸徊接玫搅俗址秃蛿?shù)...
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如何復(fù)現(xiàn)別人的四象限圖要復(fù)現(xiàn)的原圖來(lái)自文章：https://www.sohu.com/a/242022054_278730[https://www.sohu.com/a/242022054_278...
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理解SAM文件格式以及過(guò)濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測(cè)序的上游分析流程里的比對(duì)步驟相信大家都知道，我之前也只是按照各種教程去走流程，并沒(méi)有仔細(xì)的研究過(guò)每一步的內(nèi)容。今天這篇文章學(xué)習(xí)一下sa...
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Samtools使用大全
一、簡(jiǎn)介 Samtools是一個(gè)用于操作sam和bam格式文件的應(yīng)用程序集合，具有眾多的功能。 它從SAM（序列比對(duì)/映射）格式導(dǎo)入和導(dǎo)出，進(jìn)行排序，合并和索引，并允許快速檢...
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2021-04-22 bam文件中提取比對(duì)（mapped）或未比對(duì)上（unmapped）reads
flags 1 0x1 這序列是PE雙端測(cè)序 2 0x2 這序列和參考序列完全匹配，沒(méi)有錯(cuò)配和缺失 4 0x4 這序列沒(méi)有mapping到參考序列上 8 0x8 這序列的ma...
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轉(zhuǎn)錄組分析 | 使用STAR進(jìn)行比對(duì)
歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)“生信小王子”！ 前幾期，小編已經(jīng)教大家完成了RNA-seq數(shù)據(jù)的質(zhì)控，下面就要正式開(kāi)始轉(zhuǎn)錄組分析啦！ 通過(guò)二代測(cè)序我們可以獲得150bp左右的reads，...
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reads計(jì)數(shù)原理及featureCounts統(tǒng)計(jì)counts后的cpm和tpm計(jì)算摘錄：生信技能樹(shù)論壇 Kai statquest 要求：實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表...
