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  • conda是用來進行創建虛擬環境用的,不是分析軟件,分析使用的CellphoneDB,畫圖通訊圈圖是用的R語言的igraph包

    CellPhoneDB

    背景 受配體介導的細胞之間的通訊分析對于協調發育、分化和炎癥等多種生物學過程至關重要。CellPhoneDB是一個受配體及其相互作用的數據庫,有別于其他數據庫的是CellPh...

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    CellPhoneDB

    背景 受配體介導的細胞之間的通訊分析對于協調發育、分化和炎癥等多種生物學過程至關重要。CellPhoneDB是一個受配體及其相互作用的數據庫,有別于其他數據庫的是CellPh...

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    第二章 ArchR對象

    上一章我們介紹了有關于scATAC-seq的相關內容,包括scATAC-seq的優缺點、分析軟件已經分析方法的介紹。從本章開始,開始介紹使用ArchR來進行scATAC-se...

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    第一章 簡介

    1 背景介紹 在人類細胞中,長達2米的DNA被壓縮在5微米的細胞核中。細胞通過DNA在周圍的組蛋白進行分層折疊的方式形成核小體,然后核小體壓縮行程染色質。這個分層壓縮的機制將...

  • 大佬你好,單細胞轉錄組對生物學重復有什么要求嗎

    Seurat?4.0 ||單細胞數據分析工具箱有更新

    隨著單細胞技術的成熟,同一細胞內的信息越來越多被揭曉。在轉錄組時代,我們說單細胞是一個rna的盒子,細胞類型是基因特異性表達的結果。現在,我們可以說單細胞是中心法則的反應器,...

  • 你好,在現在官網的數據的時候下載不下來要怎么辦,能手動下載下來在加載嗎?如果可以的話,要怎么加載,謝謝。

    細胞類型鑒定|| 你要的SingleR教程,一本書夠不夠

    An ancient interdimensional horror who has recently awoken from his aeons-long slumber....

  • 你好,你的各種數據庫下載的時候有障礙嗎,我這邊的數據庫各種下載不下來,有沒有手動加載數據庫的方法

    學習對scRNA-seq數據注釋的R包SingleR

    Using SingleR to annotate single-cell RNA-seq data 參考:https://www.bioconductor.org/pack...

  • @三班最帥體委 你解決了嗎,我也遇到同樣的問題了

    10X單細胞測序分析軟件:Cell ranger

    單細胞測序有著漫長的過去,卻只有短暫的歷史---誰說的! 說她漫長是因為到如今也有十幾年的歷史了,說她段短暫是因為針對單細胞的分析工具越來越有意義開發周期卻越來越短。一般生物...

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