Part1 數據下載 先去Korean Personal Genome Project下載了編號為KPGP-00001的數據。 先說一下KPGP吧，中文名叫韓國個人基因組計...
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WGS全流程的學習筆記
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2020-06-06-驅動基因背景 腫瘤基因組學目前面臨的挑戰之一是將腫瘤形成過程中所涉及的基因組變化（即驅動因素）與對癌細胞沒有任何益處的基因組區分開來。癌癥形成的過程中驅動基因（即那些帶有驅動因子變化...
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推薦一份很棒的R語言學習參考資料最近在用R語言算一個數據量相對比較大的數據集，掛在服務器上運行了一周也沒有得到結果，然后服務器突然死機了，一周的時間就白白浪費了。之前也聽說過R語言的運行速度相對比較慢，但是...
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TCGA和GEO套路文章解說文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多時候，我們想找一個好點子，比如性狀，疾病相關的關鍵分子，需要設計實驗，做大量的分子篩選的工作，對于土豪實驗室可以可以大把...
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NGS基因檢測Panel的探針設計背景 目前市面上的腫瘤靶向用藥基因檢測Panel已非常常見，除了直觀層面的gene種類、數目、捕獲建庫方法的不同外，對于腫瘤panel， 探針定制之初相關的MSI位點、...
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R數據可視化8:金字塔圖和偏差圖其實圖形的基本組成都很簡單，無非就是點、線、矩形、圓圈等，但是稍作改變就會變成完全不同的圖。就好像PCA圖和火山圖一樣，本質都是點圖。今天我們來講一講條形圖的變形。 化妝后“...
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R語言一鍵制作Table 1，就是這么簡單！
轉自醫學方 2019-07-4 Alexander 流行病學或者醫學論文中，對研究對象基本情況的描述通常以表格的形式進行，并且放在結果部分的開頭，即Table 1，主要內容是...
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寫給肖先生—致2周年打發掉剛剛睡醒，探頭探腦窺視我的肖先生，嘴角忍不住的上揚，心里滿滿當當都是幸福和滿足。 肖先生，21天后是你29歲生日，好巧，也是我30歲生日，我們戀愛兩周年紀念日（在我寫甜...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學習IGV的時候寫過兩篇推文，當時簡單做了了解，但有朋友說意猶未盡，嗯我也這么覺得，總覺得還是學的不夠。推薦閱讀：https://github...
