發簡信
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TCGA數據分析系列（一：數據下載清洗）廢話不多說，直接上干貨。 一、確定腫瘤代碼 TCGA涵蓋30多種癌癥，9000多個病人，數據庫里的癌癥名稱是縮寫的形式，TCGA癌癥中英文對照可...
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HI-C 數據分析pipeline（三：AB compartment 區室計算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mi...
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HI-C數據分析 pipeline（二：數據格式轉換）
由于HIC數據目前很難用一個軟件就能將全套流程全部分析完，從數據預處理到后續的TAD計算，loop計算等需要用到眾多軟件，但是在數據格式方面，各...
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HI-C數據分析 pipeline（一：上游數據預處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結了Hi-...
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3D基因組學在白血病中的研究進展——分子分型、診斷、預后2022年10月26日，岳峰/鄭弘在《nature》雜志上發表題為 Subtype-specific 3D genome alteration...
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ATAC-seq數據可視化——超簡單教程
大家好這里是有時候季更，有時候月更的基因組學研究生。上一期記錄了ATAC數據從Fastq數據到bam文件的處理腳本。 ATAC數據一鍵處理基因組...
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一個不成熟的小腳本，ATAC數據一鍵預處理從fastq到treated bam
數據從下機fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要運行去接頭，比對，去復，去MT，shift，排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個...
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兩條命令就跑完RNA差異分析數據分析實在太難了，差異分析到底怎么跑啊，怎么才不出錯呀！coldata到底怎么構建呀……！別慌，傻瓜包來了！它就是simpleRNA，居然只要...
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文章被分享的感覺真的很不錯
最近在寫一些干貨類的文章，關注基因組學和生信分析相關的。前幾天剛申請的公眾號，目前寫了2篇了。 昨天發布的一篇《如何快速查找高質量文獻及其相關文...