新知識+1
gnomAD-LOEUF數據下載&使用annovar注釋Part1: gnomAD-LOEUF數據下載 上一篇文章已經講解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的評估基因對pLoF突變忍受力的模型——LOEU...
IP屬地：上海
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BiomaRt-進行人基因到小鼠基因的ID轉換下載安裝包 把自己想轉換的人的基因名合并成建立一個向量 使用這個包的函數getLDS 運行后得到下面結果 有個問題是有個人的基因在這個庫里沒有找到 "GNLY"；沒有搞清楚...
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gnomAD系列文章總結(2) -- 《Landscape of multi-nucleotide variants in 125,748 human exomes and 15,708 gen...距離上一篇文章的解讀已經過了一年，我又有機會拿gnomAD的文章講組會文獻分享了（狗頭）（其實這篇文章六一就寫好了，但是當時要發的時候簡書在系統維護。。。過兩天就忘記提交了。...
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METASOFT使用教程Meta回歸分析的原理 Meta回歸分析可評價研究間異質性的大小及來源。假如一項元分析納入了20項研究，其中一些研究發現體育鍛煉能改善抑郁癥狀，一些發現體育鍛煉對抑郁情緒沒有...
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如果不滿懷希望，那滿懷什么呢！
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機器學習：11. SVM支持向量機（上）1 概述 支持向量機（SVM，也稱為支持向量網絡），是機器學習中獲得關注最多的算法沒有之一。從實際應用來看，在生物科學的尖端研究中，人們使用支持向量機來識別用于模型預測的各種...
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謝謝鼓勵！能幫到別人我也很開心！
gnomAD系列文章總結(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...
2020年5月，gnomAD數據庫在Nature及其子刊上發了一個特刊，共7篇文章（不算評論和新聞） 特刊鏈接：https://www.nature.com/immersiv...
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嗯嗯，感覺后來也沒啥人用這個軟件做WES的CNV分析，反正是在嘗試階段，就啥都試試唄??
工具安裝及試用總結：對WES數據做germline的CNV calling（非癌癥的疾病研究）（未完。。。）
發現好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時關于版本的問題調試比較多。。。所以想把自己遇到的報錯貼出來，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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ggplot2-根據group給橫坐標排序目標：不受x軸變量名的影響，用group信息給橫坐標進行排序 數據表：variable（樣本名）；value（值，想畫箱線圖）；batch_melt（批次分類，即group）...
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gnomAD-LOEUF數據下載&使用annovar注釋Part1: gnomAD-LOEUF數據下載 上一篇文章已經講解了gnomAD的flagship paper，文章中新建的評估基因對pLoF突變忍受力的模型——LOEU...
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gnomAD系列文章總結(1) -- Flagship paper -- 《The mutational constraint spectrum quantified from variatio...2020年5月，gnomAD數據庫在Nature及其子刊上發了一個特刊，共7篇文章（不算評論和新聞） 特刊鏈接：https://www.nature.com/immersiv...
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工具安裝及試用總結：對WES數據做germline的CNV calling（非癌癥的疾病研究）（未完。。。）
發現好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時關于版本的問題調試比較多。。。所以想把自己遇到的報錯貼出來，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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心有明月，諸事無悔。愿執螢火，仰望星空。已轉生活號。
